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- PDB-8dge: BoGH13ASus from Bacteroides ovatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dge
タイトルBoGH13ASus from Bacteroides ovatus
要素Alpha amylase, catalytic domain protein
キーワードHYDROLASE / alpha-amylase / starch / GH13 / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Alpha amylase, catalytic domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus ATCC 8483 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Brown, H.A. / DeVeaux, A.L. / Koropatkin, N.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118475 米国
National Institutes of Health/National Center for Complementary and Integrative Health (NIH/NCCIH)AT011278 米国
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2023
タイトル: BoGH13A Sus from Bacteroides ovatus represents a novel alpha-amylase used for Bacteroides starch breakdown in the human gut.
著者: Brown, H.A. / DeVeaux, A.L. / Juliano, B.R. / Photenhauer, A.L. / Boulinguiez, M. / Bornschein, R.E. / Wawrzak, Z. / Ruotolo, B.T. / Terrapon, N. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha amylase, catalytic domain protein
B: Alpha amylase, catalytic domain protein
C: Alpha amylase, catalytic domain protein
D: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,837118
ポリマ－336,2234
非ポリマー7,614114
水28,1751564
1
A: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,35735
ポリマ－84,0561
非ポリマー2,30134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,83528
ポリマ－84,0561
非ポリマー1,77927
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,29335
ポリマ－84,0561
非ポリマー2,23734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Alpha amylase, catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,35220
ポリマ－84,0561
非ポリマー1,29619
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.387, 148.443, 112.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha amylase, catalytic domain protein


分子量: 84055.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus ATCC 8483 (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / BCRC 10623 / CCUG 4943 / NCTC 11153
遺伝子: BACOVA_03514,Bovatus_03803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7M087

-
非ポリマー , 8種, 1678分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 11% MPD, 11% PEG1000, 11% PEG3350, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.12M ethylene glycol mix

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月13日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→62 Å / Num. obs: 262849 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.954 / Num. unique obs: 25868 / CC1/2: 0.688

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M07

3m07


解像度: 1.89→62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 11.421 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2708 13119 5 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
obs0.2122 249303 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.74 Å2 / Biso mean: 29.055 Å2 / Biso min: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å20.06 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22749 0 478 1564 24791
Biso mean--40.49 35.18 -
残基数----2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01323820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01721217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.65532201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1831.57848860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0852843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43423.9171274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73153615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7521575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.23005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0227191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025735
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.96345037
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.938 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 942 -
Rwork0.261 17911 -
obs--96.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1256-0.28920.1320.3982-0.0360.33190.0001-0.0366-0.14620.01920.01360.01920.09280.0028-0.01370.04360.0115-0.00760.0090.0050.035368.036896.38076.4359
20.96720.13280.47820.31070.16520.55060.02040.0536-0.0274-0.0272-0.02420.02250.03660.00360.00380.0091-0.0005-0.00320.02390.00660.018235.589952.73827.9322
31.14790.3466-0.10920.4414-0.01160.3361-0.01490.04520.1135-0.02560.02820.013-0.0788-0.033-0.01340.0220.0043-0.00550.00660.00960.036326.684190.54749.7808
41.02670.1507-0.47160.3395-0.12310.53020.0140.03120.0323-0.0396-0.0108-0.0167-0.0213-0.0193-0.00320.01310.0059-0.00850.0038-0.00340.023924.796459.9675-28.6634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 758
2X-RAY DIFFRACTION2B45 - 758
3X-RAY DIFFRACTION3C45 - 758
4X-RAY DIFFRACTION4D44 - 757

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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