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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dgc | ||||||||||||
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タイトル | Avs3 bound to phage PhiV-1 terminase | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / phage defense / pattern-recognition receptor / nlr / stand / atpase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromosome organization => GO:0051276 / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) Escherichia phage PhiV-1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wilkinson, M.E. / Gao, L. / Strecker, J. / Makarova, K.S. / Macrae, R.K. / Koonin, E.V. / Zhang, F. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Prokaryotic innate immunity through pattern recognition of conserved viral proteins. 著者: Linyi Alex Gao / Max E Wilkinson / Jonathan Strecker / Kira S Makarova / Rhiannon K Macrae / Eugene V Koonin / Feng Zhang / 要旨: Many organisms have evolved specialized immune pattern-recognition receptors, including nucleotide-binding oligomerization domain-like receptors (NLRs) of the STAND superfamily that are ubiquitous in ...Many organisms have evolved specialized immune pattern-recognition receptors, including nucleotide-binding oligomerization domain-like receptors (NLRs) of the STAND superfamily that are ubiquitous in plants, animals, and fungi. Although the roles of NLRs in eukaryotic immunity are well established, it is unknown whether prokaryotes use similar defense mechanisms. Here, we show that antiviral STAND (Avs) homologs in bacteria and archaea detect hallmark viral proteins, triggering Avs tetramerization and the activation of diverse N-terminal effector domains, including DNA endonucleases, to abrogate infection. Cryo-electron microscopy reveals that Avs sensor domains recognize conserved folds, active-site residues, and enzyme ligands, allowing a single Avs receptor to detect a wide variety of viruses. These findings extend the paradigm of pattern recognition of pathogen-specific proteins across all three domains of life. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dgc.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dgc.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dgc_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dgc_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dgc_validation.xml.gz | 234.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dgc_validation.cif.gz | 373.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27421MC 8dgfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 236796.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: タンパク質 | 分子量: 66345.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage PhiV-1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A7G3WWS0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: A0A7G3WWS0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Avs3 bound to phage PhiV-1 terminase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 1.21 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 4 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44479 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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