[日本語] English
万見
- PDB-8dfy: Crystal structure of Human BTN2A1 Ectodomain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfy
タイトルCrystal structure of Human BTN2A1 Ectodomain
要素Butyrophilin subfamily 2 member A1
キーワードIMMUNE SYSTEM / butyrophilins / T cells
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / regulation of cytokine production / lipid metabolic process / T cell receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.552 Å
データ登録者Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. ...Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. / Li, S. / Redmond, S.J. / Chung, A. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Patel, O. / Peat, T.S. / Newman, J. / Behren, A. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Uldrich, A.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1184906 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Vgamma9-Vdelta2 T cells recognize butyrophilin 2A1 and 3A1 heteromers
著者: Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. / Li, S. / Redmond, S.J. / Chung, A. / Gorman, M.A. ...著者: Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. / Li, S. / Redmond, S.J. / Chung, A. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Patel, O. / Peat, T.S. / Newman, J. / Behren, A. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Uldrich, A.P.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 2 member A1
B: Butyrophilin subfamily 2 member A1
C: Butyrophilin subfamily 2 member A1
D: Butyrophilin subfamily 2 member A1
E: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,31925
ポリマ－127,1345
非ポリマー7,18520
水00
1
A: Butyrophilin subfamily 2 member A1
C: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,71910
ポリマ－50,8542
非ポリマー2,8668
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子

B: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,35410
ポリマ－50,8542
非ポリマー2,5008
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
3
D: Butyrophilin subfamily 2 member A1
E: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,92310
ポリマ－50,8542
非ポリマー3,0698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.013, 94.189, 134.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Butyrophilin subfamily 2 member A1


分子量: 25426.893 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN2A1, BT2.1, BTF1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7KYR7
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.65 M ammonium sulfate, 2% v/v PEG 400, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→49.8 Å / Num. obs: 22300 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 81.97 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.55→3.89 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1115 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.513 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (11-DEC-2020)精密化
MOSFLMデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HH8

4hh8


解像度: 3.552→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.812 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.672
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 1144 5.13 %RANDOM
Rwork0.2552 ---
obs0.2559 22300 64.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 268.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5033 Å20 Å2-12.9171 Å2
2--3.4663 Å20 Å2
3----0.963 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.552→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8524 0 469 0 8993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089223HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9912547HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4335SINUSOIDAL4.5
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1540HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8719HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1304SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6528SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.552→3.76 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4338 -5.16 %
Rwork0.3559 423 -
obs--8.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3529-0.0799-0.74610.1644-0.5320.985-0.2664-0.20570.2044-0.12970.2179-0.33320.1865-0.13670.04860.25280.0955-0.08430.121-0.0654-0.1065-7.982184.999461.7528
20.15560.7785-0.28111.3315-0.37920.1083-0.08240.0441-0.11180.1120.402-0.1019-0.1965-0.1634-0.31960.34580.0933-0.0222-0.07260.21340-11.066139.738215.5934
37.4129-0.82732.88212.1305-3.3583.52070.1995-0.8509-0.47470.3697-0.6422-0.5687-0.31070.46030.44260.39090.033-0.11120.32110.26120.081927.391873.486542.759
414.7576-5.037-4.236511.29882.51486.4059-0.0019-0.3880.5201-0.7619-0.58320.475-0.6412-0.81650.5852-0.39570.2249-0.07010.1180.31330.381185.952687.131525.6172
515.77527.2237-3.29384.3705-3.94754.48560.12310.5750.0008-0.36430.1862-0.6723-0.32140.1722-0.3093-0.1182-0.20070.1181-0.02190.20320.224849.137675.55432.0928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る