[日本語] English
万見
- PDB-8dfk: X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ComEA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfk
タイトルX-ray crystal structure of Bacillus subtilis ComEA
要素ComE operon protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / plasma membrane / DNA binding / genetic competence / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / DNA repair / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Competence protein ComEA / Competence protein ComEA, helix-hairpin-helix domain / : / Outer membrane lipoprotein wza fold like / Outer membrane lipoprotein wza domain like / Helix-hairpin-helix motif / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 ...Competence protein ComEA / Competence protein ComEA, helix-hairpin-helix domain / : / Outer membrane lipoprotein wza fold like / Outer membrane lipoprotein wza domain like / Helix-hairpin-helix motif / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ComE operon protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ahmed, I. / Khaja, F.T. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM057720 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure-function studies reveal ComEA contains an oligomerization domain essential for transformation in gram-positive bacteria.
著者: Ahmed, I. / Hahn, J. / Henrickson, A. / Khaja, F.T. / Demeler, B. / Dubnau, D. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ComE operon protein 1
B: ComE operon protein 1
C: ComE operon protein 1
D: ComE operon protein 1
E: ComE operon protein 1
F: ComE operon protein 1
G: ComE operon protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1637
ポリマ－117,1637
非ポリマー00
水00
1
A: ComE operon protein 1
B: ComE operon protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4752
ポリマ－33,4752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ComE operon protein 1
D: ComE operon protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4752
ポリマ－33,4752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: ComE operon protein 1
F: ComE operon protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4752
ポリマ－33,4752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: ComE operon protein 1
G: ComE operon protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4752
ポリマ－33,4752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.525, 116.482, 183.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 60 through 122)
d_2ens_1(chain "B" and resid 60 through 122)
d_3ens_1(chain "C" and resid 60 through 122)
d_4ens_1(chain "D" and resid 60 through 122)
d_5ens_1(chain "E" and resid 60 through 122)
d_6ens_1(chain "F" and resid 60 through 122)
d_7ens_1chain "G"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLUA2 - 64
d_21ens_1GLUGLUB2 - 64
d_31ens_1GLUGLUC2 - 64
d_41ens_1GLUGLUD2 - 64
d_51ens_1GLUGLUE2 - 64
d_61ens_1GLUGLUF2 - 64
d_71ens_1GLUGLUG1 - 63

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999933947875, 0.00970867786597, 0.00615154131853), (-0.00679596416465, 0.931069966014, -0.364777374927), (-0.00926902139233, 0.364711474952, 0.931074446691)0.700861473459, -1.23722270678, 18.8754901361
2given(0.999886388166, 0.014374798771, 0.00453606886316), (-0.00556411609068, 0.631658623273, -0.775226692173), (-0.0140089747151, 0.775113378033, 0.631666842427)0.922541378025, -21.4098016849, 43.7126921977
3given(0.999643822574, 0.0158875782308, 0.0214432471424), (0.0182768901514, 0.177939277581, -0.983871723743), (-0.0194469348856, 0.983913206717, 0.177585524105)1.30178402131, -50.0238286813, 55.7129550193
4given(0.99984790132, 0.0158106058091, 0.00736199497339), (0.0106376255945, -0.218338336997, -0.975815152331), (-0.0138208229766, 0.975745046281, -0.21847331533)0.632044998654, -71.3076916611, 56.6664758396
5given(0.996170753373, 0.0795947668651, 0.0361732388964), (0.0768321187615, -0.599545949055, -0.796643885622), (-0.041721165506, 0.796372606296, -0.603365574332)7.11145415548, -92.5227957126, 46.8138731362
6given(0.998731950729, 0.0341939355902, -0.0369494974422), (0.0118012327116, -0.872508370031, -0.488456625641), (-0.0489410001825, 0.487401188955, -0.87180551702)1.83762031014, -109.51464701, 30.4109088452

-
要素

#1: タンパク質
ComE operon protein 1


分子量: 16737.549 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: comEA, comE1, BSU25590 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39694

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 500, 0.1 M succinate [pH 5.5]

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 20483 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.15
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1011 / CC1/2: 0.516

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→36.01 Å / SU ML: 0.4627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3393
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1991 9.74 %
Rwork0.2541 18450 -
obs0.2562 20441 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 0 0 3359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54624574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.252468
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.492554452788
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.606967528423
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.57253854064
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.552527696953
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.638935494104
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.809961573781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.41631350.37171262X-RAY DIFFRACTION96.08
3.28-3.370.33251460.31931299X-RAY DIFFRACTION99.66
3.37-3.470.33591380.29271305X-RAY DIFFRACTION99.65
3.47-3.580.31261360.29371319X-RAY DIFFRACTION99.59
3.58-3.710.28141460.28881315X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.850.28251420.28111292X-RAY DIFFRACTION99.58
3.85-4.030.2171420.26921308X-RAY DIFFRACTION98.77
4.03-4.240.27861400.26881295X-RAY DIFFRACTION98.02
4.24-4.510.25961410.25891322X-RAY DIFFRACTION99.93
4.51-4.850.25921440.24421328X-RAY DIFFRACTION99.93
4.85-5.340.26031470.22261331X-RAY DIFFRACTION99.66
5.34-6.110.24091410.23971344X-RAY DIFFRACTION99.73
6.11-7.690.28171460.23931342X-RAY DIFFRACTION99.2
7.69-36.010.27631470.22091388X-RAY DIFFRACTION97.65

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る