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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dss | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of Geobacillus stearothermophilus ComEA | ||||||
![]() | ComE operon protein 1 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / plasma membrane / DNA binding / genetic competence / oligomerization | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahmed, I. / Neiditch, M.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-function studies reveal ComEA contains an oligomerization domain essential for transformation in gram-positive bacteria. Authors: Ahmed, I. / Hahn, J. / Henrickson, A. / Khaja, F.T. / Demeler, B. / Dubnau, D. / Neiditch, M.B. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 141.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dfkSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15656.725 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: B4109_2104, B4114_2221, D9548_03605, GS458_2294, TGS27_0901 Plasmid: pTB146 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 30% PEG 400, 0.1M ammonium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 297 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.05→50 Å / Num. obs: 5194 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 51.71 Å2 / CC1/2: 0.929 / Net I/σ(I): 9.38 |
Reflection shell | Resolution: 3.05→3.1 Å / Num. unique obs: 273 / CC1/2: 0.429 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8DFK Resolution: 3.05→40.35 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.2579 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.05→40.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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