[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8dfg: Crystal structure of potently neutralizing human monoclonal antib... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dfg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of potently neutralizing human monoclonal antibody 42D6 Fab in complex with MSP1-19 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Merozoite Surface Protein 1 (MSP1) / Antigen-Antibody Complex / Plasmodium falciparum / Antigenic Diversion / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / vacuolar membrane / side of membrane / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patel, P.N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Neutralizing and interfering human antibodies define the structural and mechanistic basis for antigenic diversion. Authors: Patel, P.N. / Dickey, T.H. / Hopp, C.S. / Diouf, A. / Tang, W.K. / Long, C.A. / Miura, K. / Crompton, P.D. / Tolia, N.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 693.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 479.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 480.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 56.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dfhC ![]() 8dfiC ![]() 1ob1S ![]() 3b2uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Antibody | Mass: 26224.277 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23677.430 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 11759.932 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1607-1699 / Mutation: S3A, T48A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.74 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M Potassium chloride, 20 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→19.92 Å / Num. obs: 75221 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 3.247 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 6.03 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 2.985 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 5165 / CC1/2: 0.766 / Rrim(I) all: 0.809 / % possible all: 91.1 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 1OB1 & 3B2U Resolution: 2→19.92 Å / SU ML: 0.2342 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 32.7978 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -4.00835750711 Å / Origin y: 42.3141480552 Å / Origin z: 48.6956832401 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |