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- PDB-8dfb: Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 39 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfb
タイトルStructure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 39 base pair symmetric DNA complex
要素
  • (DNA (40-MER)) x 2
  • Topoisomerase V
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Topoisomerase V Type IC / Abasic DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Topoisomerase V
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Osterman, A. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118108 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structures of topoisomerase V in complex with DNA reveal unusual DNA binding mode and novel relaxation mechanism.
著者: Osterman, A. / Mondragon, A.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
B: Topoisomerase V
U: DNA (40-MER)
V: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,9828
ポリマ－218,8264
非ポリマー1564
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.560, 121.560, 497.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 324 or resid 326 through 852))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 324 or resid 326 through 852))
d_1ens_2(chain "U" and (resid 4 through 12 or resid 15 through 26 or resid 29 through 40 or resid 42))
d_2ens_2(chain "V" and (resid 4 through 12 or resid 15 through 26 or resid 29 through 40 or resid 42))

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.919729630995, -0.0967782853096, 0.380435762465), (-0.119061268388, -0.854710372544, -0.505266853688), (0.374061251989, -0.510004061316, 0.774579910146)87.9178493553, -22.4385076206, -24.9361219989
2given(-0.922868020368, -0.104247221244, 0.370738632792), (-0.108682232798, -0.853039444369, -0.51040364284), (0.369462838802, -0.511327901853, 0.775913002553)88.4946012693, -22.8191559044, -25.0244491243

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase V / Winged helix-turn-helix transcriptional regulator


分子量: 97110.445 Da / 分子数: 2 / 変異: K809A, K820A, K831A, K835A, K846A, K851A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: top5, HA336_03250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q977W1
#2: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12297.902 Da / 分子数: 1 / 変異: GUA U13 is an abasic site / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12306.917 Da / 分子数: 1 / 変異: GUA U13 is an abasic site / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.69 % / 解説: Box-like
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. ...詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. Crystals started to appear within minutes of setting up the trays in 1:1 or 2:1 well to complex ratio. Well solution: 2% PEG 8K, 24 mM sodium acetate pH 5.1, 26 mM sodium acetate pH 5.6, 12.5 uM phosphotungstic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月5日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→86.9 Å / Num. obs: 53311 / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 104.42 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 3.17→3.36 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2667 / CC1/2: 0.646 / Rrim(I) all: 1.41 / % possible all: 25.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000262487

解像度: 3.17→59.04 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 2690 5.05 %
Rwork0.2185 --
obs0.2202 53291 82.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→59.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13604 1617 4 0 15225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44121373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9686210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.17-3.230.669360.3419164X-RAY DIFFRACTION5
3.23-3.290.3361320.3502664X-RAY DIFFRACTION21
3.29-3.360.3706850.3291503X-RAY DIFFRACTION48
3.36-3.420.3499960.34362005X-RAY DIFFRACTION67
3.45-3.510.33891070.31632053X-RAY DIFFRACTION83
3.51-3.60.34931730.3023049X-RAY DIFFRACTION96
3.6-3.690.40221120.30522370X-RAY DIFFRACTION74
3.69-3.80.3131740.27513200X-RAY DIFFRACTION100
3.8-3.930.27511600.26432829X-RAY DIFFRACTION89
3.93-4.070.27861790.2543174X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.230.29451900.24833176X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.420.28971450.22393234X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.650.24421840.20523225X-RAY DIFFRACTION100
4.65-4.940.26851820.20463217X-RAY DIFFRACTION100
4.95-5.330.26192000.21923228X-RAY DIFFRACTION100
5.33-5.860.26781660.22123267X-RAY DIFFRACTION100
5.86-6.710.27681550.22253326X-RAY DIFFRACTION100
6.71-8.450.20251610.18653359X-RAY DIFFRACTION100
8.45-59.040.16241830.15863558X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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