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万見
- PDB-8df9: Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 38 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8df9
タイトルStructure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 38 base pair asymmetric DNA complex
要素
  • (DNA (33-MER)) x 2
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
  • Topoisomerase V
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Topoisomerase V Type IC / Abasic DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain ...DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Topoisomerase V
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Osterman, A. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118108 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structures of topoisomerase V in complex with DNA reveal unusual DNA binding mode and novel relaxation mechanism.
著者: Osterman, A. / Mondragon, A.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
B: Topoisomerase V
S: DNA (33-MER)
T: DNA (33-MER)
U: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*C)-3')
V: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
W: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*A)-3')
X: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,87922
ポリマ－237,5098
非ポリマー37014
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.751, 193.751, 245.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 828 or resid 835 through 852))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 617 or resid 690 through 852))
d_1ens_2chain "U"
d_2ens_2(chain "W" and resid 2 through 18)
d_1ens_3(chain "V" and (resid 20 through 38 or (resid 39...
d_2ens_3chain "X"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAA1 - 755
d_12ens_1ALAGLYA762 - 779
d_21ens_1ALALYSB1 - 616
d_22ens_1GLUGLYB689 - 845
d_11ens_2DGDCQ
d_21ens_2DGDCS
d_11ens_3DTDTR
d_21ens_3DTDTT

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.990067428864, 0.0517304157731, -0.13073044935), (-0.0948326369972, 0.440749583972, 0.892606618387), (0.103794302655, 0.896138252901, -0.431466075635)14.9656118676, -5.17135139595, 1.98877755996
2given(0.011385798483, 0.910446436547, -0.413470252585), (0.825018809348, 0.225083690038, 0.518344766252), (0.564990555509, -0.347022504542, -0.748572677518)59.3577305808, -14.8968441407, -83.3371892737
3given(0.0530424250418, 0.88040200818, -0.471252379451), (0.850202655929, 0.207712052243, 0.483746986766), (0.52377661746, -0.426319137907, -0.737502574678)53.2811716879, -17.5963537474, -87.7734176536

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Topoisomerase V / Winged helix-turn-helix transcriptional regulator


分子量: 97110.445 Da / 分子数: 2 / 変異: K809A, K820A, K831A, K835A, K846A, K851A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: top5, HA336_03250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q977W1

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DNA鎖 , 5種, 6分子 STUVXW

#2: DNA鎖 DNA (33-MER)


分子量: 10203.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (33-MER)


分子量: 10096.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 5221.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 6115.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5534.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 44分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.76 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. ...詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. Crystals started to appear within minutes of setting up the trays in 1:1 or 2:1 well to complex ratio. Well solution: 10% PEG 600, 50 mM sodium succinate pH 5.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride, 1 mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月14日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→39.3 Å / Num. obs: 52587 / % possible obs: 70.4 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 121.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.24→3.601 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2629 / CC1/2: 0.58 / Rrim(I) all: 1.567 / % possible all: 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.24→39.28 Å / SU ML: 0.3447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.8056
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 2599 4.95 %
Rwork0.2346 49867 -
obs0.2362 52466 70.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 141.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→39.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13014 2871 44 0 15929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003916442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.561722799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00412483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.86756559
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.83125288934
ens_2d_2UX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.27918545827
ens_3d_2VX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.12223141682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.30.288130.471295X-RAY DIFFRACTION2.56
3.3-3.360.3256110.5044216X-RAY DIFFRACTION5.93
3.36-3.430.398220.434350X-RAY DIFFRACTION9.62
3.43-3.510.3665320.3623702X-RAY DIFFRACTION19.03
3.51-3.590.389600.3661952X-RAY DIFFRACTION26.16
3.59-3.680.3246720.31431398X-RAY DIFFRACTION38.05
3.68-3.780.34041170.29951913X-RAY DIFFRACTION52.31
3.78-3.890.32231490.29322890X-RAY DIFFRACTION78.16
3.89-4.010.3011910.28793660X-RAY DIFFRACTION98.62
4.01-4.160.28041810.27023699X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.320.25442110.24613701X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.520.25111790.23933722X-RAY DIFFRACTION99.97
4.52-4.760.27331990.22713720X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.060.28951630.22783765X-RAY DIFFRACTION100
5.06-5.450.25212000.23883726X-RAY DIFFRACTION100
5.45-5.990.28411800.26373789X-RAY DIFFRACTION100
5.99-6.860.27252290.25863773X-RAY DIFFRACTION100
6.86-8.620.24021840.21543844X-RAY DIFFRACTION100
8.62-39.280.24252160.18773952X-RAY DIFFRACTION98.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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