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- PDB-8df8: Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 40 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8df8
タイトルStructure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 40 base pair symmetric DNA complex
要素
  • (DNA (42-MER)) x 2
  • Topoisomerase V
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Topoisomerase V Type IC / Abasic DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain ...DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHITE ION / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Topoisomerase V
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Osterman, A. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118108 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structures of topoisomerase V in complex with DNA reveal unusual DNA binding mode and novel relaxation mechanism.
著者: Osterman, A. / Mondragon, A.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
B: Topoisomerase V
U: DNA (42-MER)
V: DNA (42-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,77714
ポリマ－220,0834
非ポリマー69410
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.941, 120.941, 497.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 324 or resid 326 through 852))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 324 or resid 326 through 852))
d_1ens_2(chain "U" and (resid 4 through 12 or resid 15 through 26 or resid 29 through 40 or resid 42))
d_2ens_2(chain "V" and (resid 4 through 12 or resid 15 through 26 or resid 29 through 40 or resid 42))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUSERA1 - 322
d_12ens_1ILEGLYA324 - 850
d_21ens_1LEUSERB1 - 322
d_22ens_1ILEGLYB324 - 850
d_11ens_2DCDAJ
d_12ens_2PO3PO3K
d_21ens_2DCDAL
d_22ens_2PO3PO3M

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.92449898789, -0.0911435347928, 0.370127650218), (-0.121900223627, -0.84931265209, -0.513622774495), (0.361167491436, -0.51996237851, 0.774078269986)87.9902242394, -21.4282802726, -24.2533813123
2given(-0.996147594767, 0.00270622282682, 0.08765070335), (-0.0280177635477, -0.956956785052, -0.288874914919), (0.0830961753965, -0.290217828366, 0.953346022036)100.425350655, -38.1662470331, -10.1945068898

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Topoisomerase V / Winged helix-turn-helix transcriptional regulator


分子量: 97110.445 Da / 分子数: 2 / 変異: K809A, K820A, K831A, K835A, K846A, K851A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: top5, HA336_03250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q977W1

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DNA鎖 , 2種, 2分子 UV

#2: DNA鎖 DNA (42-MER)


分子量: 12915.303 Da / 分子数: 1 / 変異: GUA U13 is an abasic site / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (42-MER)


分子量: 12946.312 Da / 分子数: 1 / 変異: GUA V13 is an abasic site / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.29 % / 解説: Box-like
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. ...詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. Crystals started to appear within minutes of setting up the trays in 1:1 or 2:1 well to complex ratio. Well solution: 2 ul:1 ul (reaction:well solution), 2% PEG 8K, 24 mM sodium acetate pH 5.1, 26 mM sodium acetate pH 5.6, 12.5 uM phosphotungstic acid. 5X DNA binding buffer: 250 mM sodium acetate pH 5.0 at 65C, 150 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月4日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→108.8 Å / Num. obs: 56136 / % possible obs: 69 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 96.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.92→3.24 Å / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 1.605 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 51701 / CC1/2: 0.744 / Rrim(I) all: 1.65 / % possible all: 12.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DF7

8df7


解像度: 2.92→58.76 Å / SU ML: 0.3946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.4552
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 2845 5.07 %
Rwork0.2571 53278 -
obs0.2587 56123 68.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→58.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13604 1554 32 0 15190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002215631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.489321412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03712375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00342534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.63796235
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.2190249189
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.57659256871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.92-2.970.260820.435516X-RAY DIFFRACTION0.45
2.97-3.030.546110.4113112X-RAY DIFFRACTION3.09
3.03-3.080.5788230.4495480X-RAY DIFFRACTION12.68
3.08-3.150.5255280.4092671X-RAY DIFFRACTION17.58
3.15-3.220.3593450.3894919X-RAY DIFFRACTION24.06
3.22-3.290.4056800.3931342X-RAY DIFFRACTION35.42
3.29-3.370.409960.37171787X-RAY DIFFRACTION46.82
3.37-3.460.38311000.35432272X-RAY DIFFRACTION59.18
3.46-3.570.35071720.34082933X-RAY DIFFRACTION76.93
3.57-3.680.38071890.32963583X-RAY DIFFRACTION94.65
3.68-3.810.32722060.32233840X-RAY DIFFRACTION100
3.81-3.960.34062070.29473828X-RAY DIFFRACTION99.98
3.97-4.150.32412340.28693818X-RAY DIFFRACTION99.98
4.15-4.360.28931900.27193874X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.640.27832160.25663864X-RAY DIFFRACTION99.95
4.64-4.990.29892170.24693865X-RAY DIFFRACTION99.95
4.99-5.50.32882270.25283921X-RAY DIFFRACTION99.93
5.5-6.290.28541890.27053951X-RAY DIFFRACTION99.95
6.29-7.920.27981980.22994009X-RAY DIFFRACTION99.95
7.92-58.760.19482150.18264193X-RAY DIFFRACTION98.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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