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- PDB-8df7: Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 38 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8df7
タイトルStructure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 38 base pair symmetric DNA complex
要素
  • DNA (39-MER)
  • Topoisomerase V
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Topoisomerase V Type IC / Abasic DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain ...DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Topoisomerase V
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Osterman, A. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118108 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structures of topoisomerase V in complex with DNA reveal unusual DNA binding mode and novel relaxation mechanism.
著者: Osterman, A. / Mondragon, A.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
B: Topoisomerase V
U: DNA (39-MER)
V: DNA (39-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,4049
ポリマ－218,2084
非ポリマー1955
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.665, 121.665, 498.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 36 or resid 38...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 36 or resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALTHRA2 - 34
d_12ens_1TYRALAA36 - 241
d_13ens_1ARGMETA243 - 284
d_14ens_1ARGARGA286
d_15ens_1LEUASPA288 - 301
d_16ens_1TYRSERA303 - 322
d_17ens_1ILETYRA324 - 329
d_18ens_1THRGLUA331 - 387
d_19ens_1METPROA389 - 630
d_110ens_1LEUGLUA632 - 668
d_111ens_1VALARGA670 - 681
d_112ens_1SERGLYA684 - 685
d_113ens_1GLUASPA688 - 740
d_114ens_1ALAALAA742 - 796
d_115ens_1ILEARGA798 - 819
d_116ens_1TYRVALA821 - 827
d_117ens_1ALAGLYA829 - 850
d_21ens_1VALTHRB2 - 34
d_22ens_1TYRALAB36 - 241
d_23ens_1ARGMETB243 - 284
d_24ens_1ARGARGB286
d_25ens_1LEUASPB288 - 301
d_26ens_1TYRSERB303 - 322
d_27ens_1ILETYRB324 - 329
d_28ens_1THRGLUB331 - 387
d_29ens_1METPROB389 - 630
d_210ens_1LEUGLUB632 - 668
d_211ens_1VALARGB670 - 681
d_212ens_1SERGLYB684 - 685
d_213ens_1GLUASPB688 - 740
d_214ens_1ALAALAB742 - 796
d_215ens_1ILEARGB798 - 819
d_216ens_1TYRVALB821 - 827
d_217ens_1ALAGLYB829 - 850

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.927272688783, -0.0898130683961, 0.363454224605), (-0.11843596369, -0.850572044472, -0.512347655081), (0.355159517883, -0.518132039067, 0.778075129373)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.927272688783, -0.0898130683961, 0.363454224605), (-0.11843596369, -0.850572044472, -0.512347655081), (0.355159517883, -0.518132039067, 0.778075129373)
ベクター: 87.842428706, -21.9916943965, -24.0946747463)

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase V / Winged helix-turn-helix transcriptional regulator


分子量: 97110.445 Da / 分子数: 2 / 変異: K809A, K820A, K831A, K835A, K846A, K851A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: top5, HA336_03250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q977W1
#2: DNA鎖 DNA (39-MER)


分子量: 11993.710 Da / 分子数: 2 / 変異: GUA U13 is an abasic site / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.97 % / 解説: Box-like
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. ...詳細: Protein was mixed with the annealed oligonucleotide using a stoichiometric ratio of 1.25:1 DNA to protein in 1X DNA binding buffer. Reactions were incubated for thirty minutes at 65 C. Crystals started to appear within minutes of setting up the trays in 1:1 or 2:1 well to complex ratio. Well solution: 2% PEG 8K, 24 mM sodium acetate pH 5.1, 26 mM sodium acetate pH 5.5, 12.5 uM phosphotungstic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月13日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→59.1 Å / Num. obs: 41745 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 107.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.52→3.73 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.183 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 13495 / CC1/2: 0.633 / Rrim(I) all: 1.289 / % possible all: 28.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.52→59.1 Å / SU ML: 0.4193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.7838
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 2127 5.1 %
Rwork0.229 39593 -
obs0.2313 41720 87.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 128.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→59.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13604 1559 5 0 15168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001915542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.426921272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03412359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00322529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.23336182
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.2972136173 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.52-3.60.346790.331309X-RAY DIFFRACTION10.2
3.6-3.690.3585650.315960X-RAY DIFFRACTION32.84
3.69-3.790.36641280.27632198X-RAY DIFFRACTION74.79
3.79-3.90.33661420.25452840X-RAY DIFFRACTION95.92
3.91-4.030.33651750.24062933X-RAY DIFFRACTION99.81
4.03-4.180.29121740.22832978X-RAY DIFFRACTION99.87
4.18-4.340.24851460.21772981X-RAY DIFFRACTION99.87
4.34-4.540.25011520.19952980X-RAY DIFFRACTION99.78
4.54-4.780.25081760.2062974X-RAY DIFFRACTION99.81
4.78-5.080.26761810.20322975X-RAY DIFFRACTION99.78
5.08-5.470.2911710.22692991X-RAY DIFFRACTION99.72
5.47-6.020.30181420.24983044X-RAY DIFFRACTION99.62
6.02-6.890.33641520.25273066X-RAY DIFFRACTION99.63
6.89-8.680.23971480.22463129X-RAY DIFFRACTION99.39
8.68-59.10.23761660.22383235X-RAY DIFFRACTION97.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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