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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8df0 | |||||||||
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タイトル | Abp1D receptor binding domain | |||||||||
![]() | Abp1D Receptor Binding Domain | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / Chaperone usher pathway adhesin receptor binding domain | |||||||||
機能・相同性 | Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / pilus / cell adhesion / Fimbria adhesin protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tamadonfar, K.O. / Pinkner, J.S. / Dodson, K.W. / Hultgren, S.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-function correlates of fibrinogen binding by Acinetobacter adhesins critical in catheter-associated urinary tract infections. 著者: Tamadonfar, K.O. / Di Venanzio, G. / Pinkner, J.S. / Dodson, K.W. / Kalas, V. / Zimmerman, M.I. / Bazan Villicana, J. / Bowman, G.R. / Feldman, M.F. / Hultgren, S.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dezSC ![]() 8dkaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18846.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fimA, AYR68_10060, B7L45_11295, BAA1790NC_1605, BS065_10665, CBL15_10290, CTZ19_10795, D8O08_010130, DLI72_16175, E2532_11475, E2533_08890, E2534_05850, E2535_07595, E2536_00985, E2538_ ...遺伝子: fimA, AYR68_10060, B7L45_11295, BAA1790NC_1605, BS065_10665, CBL15_10290, CTZ19_10795, D8O08_010130, DLI72_16175, E2532_11475, E2533_08890, E2534_05850, E2535_07595, E2536_00985, E2538_06840, E2539_15695, E2540_01165, E2541_05705, EA720_002470, FE003_11010, H1058_10155, HIN86_11385, IAG11_17165, SAMEA104305340_00065 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.21 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8 M (NH4)2SO4, 0.025 M Citric Acid pH 3.56 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→44.51 Å / Num. obs: 45137 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 33.97 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2715 / Rpim(I) all: 0.07507 / Rrim(I) all: 0.2818 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 2.938 / Num. unique obs: 4370 / CC1/2: 0.434 / CC star: 0.778 / Rpim(I) all: 0.8113 / Rrim(I) all: 3.049 / % possible all: 99.36 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8DEZ 解像度: 2.1→44.51 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.76 Å2 / Biso mean: 42.8553 Å2 / Biso min: 23.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→44.51 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -5.6049 Å / Origin y: 21.9195 Å / Origin z: -22.4341 Å
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精密化 TLSグループ |
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