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万見
- PDB-8dey: Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dey
タイトルTernary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein cereblon
  • Zinc finger protein Helios
キーワードLIGASE / E3 ligase / molecular glue / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LON domain-like / Peptide methionine sulfoxide reductase. / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. ...: / LON domain-like / Peptide methionine sulfoxide reductase. / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Zinc finger C2H2-type / Beta Complex / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / DNA polymerase; domain 1 / Roll / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LWK / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon / Zinc finger protein Helios
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Ma, X. / Ornelas, E. / Clifton, M.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of a selective IKZF2 glue degrader for cancer immunotherapy.
著者: Bonazzi, S. / d'Hennezel, E. / Beckwith, R.E.J. / Xu, L. / Fazal, A. / Magracheva, A. / Ramesh, R. / Cernijenko, A. / Antonakos, B. / Bhang, H.C. / Caro, R.G. / Cobb, J.S. / Ornelas, E. / Ma, ...著者: Bonazzi, S. / d'Hennezel, E. / Beckwith, R.E.J. / Xu, L. / Fazal, A. / Magracheva, A. / Ramesh, R. / Cernijenko, A. / Antonakos, B. / Bhang, H.C. / Caro, R.G. / Cobb, J.S. / Ornelas, E. / Ma, X. / Wartchow, C.A. / Clifton, M.C. / Forseth, R.R. / Fortnam, B.H. / Lu, H. / Csibi, A. / Tullai, J. / Carbonneau, S. / Thomsen, N.M. / Larrow, J. / Chie-Leon, B. / Hainzl, D. / Gu, Y. / Lu, D. / Meyer, M.J. / Alexander, D. / Kinyamu-Akunda, J. / Sabatos-Peyton, C.A. / Dales, N.A. / Zecri, F.J. / Jain, R.K. / Shulok, J. / Wang, Y.K. / Briner, K. / Porter, J.A. / Tallarico, J.A. / Engelman, J.A. / Dranoff, G. / Bradner, J.E. / Visser, M. / Solomon, J.M.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年5月24日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Zinc finger protein Helios
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,53413
ポリマ－285,7246
非ポリマー8107
水00
1
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,4767
ポリマ－142,8623
非ポリマー6144
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0586
ポリマ－142,8623
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.476, 96.227, 155.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...
21chain D
12(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...
22(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRVALVAL(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...AA71 - 1102 - 41
121ARGARGARGARG(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...AA11142
131THRTHRZNZN(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...AA - G71 - 5012
141THRTHRZNZN(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...AA - G71 - 5012
151THRTHRZNZN(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...AA - G71 - 5012
161THRTHRZNZN(chain A and (resid 71 through 110 or (resid 111...AA - G71 - 5012
211THRTHRZNZNchain DDD - K71 - 5012
112SERSERLEULEU(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...BB2 - 1522 - 152
122LYSLYSALAALA(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...BB153 - 154153 - 154
132SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...BB2 - 11402 - 836
142SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...BB2 - 11402 - 836
152SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...BB2 - 11402 - 836
162SERSERHISHIS(chain B and (resid 2 through 152 or (resid 153...BB2 - 11402 - 836
212SERSERASNASN(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...EE2 - 3412 - 341
222GLUGLUGLUGLU(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...EE342342
232SERSERHISHIS(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...EE2 - 11402 - 836
242SERSERHISHIS(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...EE2 - 11402 - 836
252SERSERHISHIS(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...EE2 - 11402 - 836
262SERSERHISHIS(chain E and (resid 2 through 341 or (resid 342...EE2 - 11402 - 836
113SERSERZNZNchain CCC - J136 - 2021
213SERSERZNZNchain FFF - M136 - 2021

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 42971.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2
Fragment: UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16531
#3: タンパク質 Zinc finger protein Helios / Ikaros family zinc finger protein 2


分子量: 6543.556 Da / 分子数: 2 / Fragment: IKZF2 (UNP residues 137-192) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKZF2, HELIOS, ZNFN1A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKS7
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-LWK / (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione


分子量: 417.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→84.15 Å / Num. obs: 30254 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.035 % / Biso Wilson estimate: 124.56 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 0.776 / Net I/σ(I): 5.92 / Num. measured all: 152319 / Scaling rejects: 1418
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.7-3.85.2572.1080.7622150.3072.35299.9
3.8-3.94.8351.4651.320450.7121.6593
3.9-4.015.0822.2440.6520010.5582.51193.7
4.01-4.144.8751.0481.4420760.6581.17799.9
4.14-4.274.9990.7881.919790.7710.88299.9
4.27-4.425.0280.5023.0219450.8620.56299.8
4.42-4.595.3080.4053.6219170.9330.45100
4.59-4.785.2580.3464.217770.9480.38599.8
4.78-4.995.2320.2744.9717340.970.305100
4.99-5.235.1040.2745.0516800.9670.30699.9
5.23-5.524.8750.2395.7215620.9690.269100
5.52-5.854.9590.2116.4114970.9710.23799.8
5.85-6.255.3160.1987.2614070.9780.2299.9
6.25-6.765.2320.1379.7413300.9890.152100
6.76-7.45.0780.10811.8812180.990.1299.8
7.4-8.274.6180.08714.1610820.9920.09899.4
8.27-9.554.80.05918.999800.9950.06699.9
9.55-11.74.9340.0522.398300.9970.05699.9
11.7-16.554.3980.05121.46380.9960.05798
16.55-84.154.0970.05620.083410.9930.06490

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7U8F

7u8f


解像度: 3.7→84.15 Å / SU ML: 1.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 46.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 1501 5.07 %
Rwork0.2985 28123 -
obs0.3011 29624 96.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 289.32 Å2 / Biso mean: 155.5025 Å2 / Biso min: 64.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→84.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19295 0 37 0 19332
Biso mean--172.56 --
残基数----2460
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2234X-RAY DIFFRACTION4.065TORSIONAL
12D2234X-RAY DIFFRACTION4.065TORSIONAL
21B4828X-RAY DIFFRACTION4.065TORSIONAL
22E4828X-RAY DIFFRACTION4.065TORSIONAL
31C348X-RAY DIFFRACTION4.065TORSIONAL
32F348X-RAY DIFFRACTION4.065TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7-3.820.45091130.45932299241288
3.82-3.960.57791220.55622181230384
3.96-4.120.4361500.38882586273699
4.12-4.30.39981370.3622622275999
4.3-4.530.42451340.3226172751100
4.53-4.820.39081430.315126482791100
4.82-5.190.39971310.30732587271899
5.19-5.710.4071300.299526652795100
5.71-6.530.35311330.295126492782100
6.54-8.230.31821740.288326092783100
8.23-84.150.24241340.21132660279497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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