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万見
- PDB-8del: Trimeric Heme-Free Cytochrome Variant ApoCyt-TriCyt3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8del
タイトルTrimeric Heme-Free Cytochrome Variant ApoCyt-TriCyt3
要素Soluble cytochrome b562
キーワードDE NOVO PROTEIN / apo cytochrome b562 / engineered protein
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Hoffnagle, A.M. / Eng, V.H. / Tezcan, F.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-12948080 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Computationally Guided Redesign of a Heme-free Cytochrome with Native-like Structure and Stability.
著者: Hoffnagle, A.M. / Eng, V.H. / Markel, U. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9606
ポリマ－35,8463
非ポリマー1143
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Assembly determined by sedimentation velocity analytical ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.778, 77.076, 92.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

21C-228-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562


分子量: 11948.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 1500, 200 mM (NH4)2SO4, 100 mM Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→45.8 Å / Num. obs: 9904 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.0677 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 981 / CC1/2: 0.926 / Rpim(I) all: 0.255 / Rrim(I) all: 0.592 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
APEXデータ削減
APEXデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6wzc

6wzc


解像度: 2.56→45.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.05
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 1901 9.86 %
Rwork0.2025 --
obs0.2102 9887 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2517 0 3 105 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10273473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.5471988
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.56-2.620.36031329.50.2803125998
2.62-2.690.36311279.60.27651194100
2.69-2.770.362415610.90.26671277100
2.77-2.860.3915133100.27551201100
2.86-2.960.3371279.10.24321273100
2.96-3.080.35011359.80.25071243100
3.08-3.220.366214310.60.24351203100
3.22-3.390.2911141100.22471268100
3.39-3.610.30091339.80.19641231100
3.61-3.880.2661279.20.19031246100
3.89-4.270.26361329.50.17711252100
4.28-4.890.201514310.10.16941269100
4.9-6.160.3002149110.20071209100
6.16-45.80.187412390.1483124999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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