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- PDB-8dei: Structure of the Cac1 KER domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dei
タイトルStructure of the Cac1 KER domain
要素Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromatin / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / chromosome, centromeric region / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / nucleosome / nucleosome assembly ...CAF-1 complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / chromosome, centromeric region / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA replication / DNA repair / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac1, C-terminal domain / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Maltodextrin-binding protein / Chromatin assembly factor 1 subunit p90
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Rosas, R. / Churchill, M.E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135604 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: A novel single alpha-helix DNA-binding domain in CAF-1 promotes gene silencing and DNA damage survival through tetrasome-length DNA selectivity and spacer function.
著者: Rosas, R. / Aguilar, R.R. / Arslanovic, N. / Seck, A. / Smith, D.J. / Tyler, J.K. / Churchill, M.E.A.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
B: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
C: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
D: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,15011
ポリマ－222,4334
非ポリマー7187
水19811
1
A: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6081
ポリマ－55,6081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8203
ポリマ－55,6081
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0075
ポリマ－55,6081
非ポリマー3994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7142
ポリマ－55,6081
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.586, 165.249, 116.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.475, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Maltodextrin-binding protein,Chromatin assembly factor 1 subunit p90 fusion / CAF-1 90 kDa subunit / RAP1 localization factor 2


分子量: 55608.172 Da / 分子数: 4 / 断片: KER domain, residues 136-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: malE, malE_1, malE_2, RLF2, CAC1, YPR018W, YP9531.12
株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SHQ8, UniProt: Q12495
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→28.68 Å / Num. obs: 48320 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 46.75 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 13259 / CC1/2: 0.695 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PEB

1peb


解像度: 2.81→28.68 Å / SU ML: 0.4341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2825 4768 9.99 %
Rwork0.233 42974 -
obs0.238 47742 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14659 0 43 11 14713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001114988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.342220201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03482166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00232630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1035685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.840.38361370.29091220X-RAY DIFFRACTION84.08
2.84-2.880.37591430.31541293X-RAY DIFFRACTION90.54
2.88-2.910.31381570.27341411X-RAY DIFFRACTION95.55
2.91-2.950.31181590.26961446X-RAY DIFFRACTION99.14
2.95-2.990.40181660.28011490X-RAY DIFFRACTION99.58
2.99-3.030.33961530.28341406X-RAY DIFFRACTION99.24
3.03-3.070.36111640.27721460X-RAY DIFFRACTION99.69
3.07-3.120.33851600.26391451X-RAY DIFFRACTION99.38
3.12-3.160.37081660.27581494X-RAY DIFFRACTION99.88
3.16-3.220.35621590.28631420X-RAY DIFFRACTION99.37
3.22-3.270.32271610.26061445X-RAY DIFFRACTION99.69
3.27-3.330.34711640.26071473X-RAY DIFFRACTION99.39
3.33-3.390.31921580.26661454X-RAY DIFFRACTION99.26
3.39-3.460.30821580.2451426X-RAY DIFFRACTION99.25
3.46-3.540.28311600.24141478X-RAY DIFFRACTION98.91
3.54-3.620.29091580.23561435X-RAY DIFFRACTION99.38
3.62-3.710.27641590.22321441X-RAY DIFFRACTION99.56
3.71-3.810.2511640.22511477X-RAY DIFFRACTION98.8
3.81-3.920.28291570.2351392X-RAY DIFFRACTION97.42
3.92-4.050.30151630.22711427X-RAY DIFFRACTION96.77
4.05-4.190.27351580.22291410X-RAY DIFFRACTION96.37
4.19-4.360.26551610.19981443X-RAY DIFFRACTION98.65
4.36-4.560.23951600.1961423X-RAY DIFFRACTION97.84
4.56-4.80.21571590.19471428X-RAY DIFFRACTION97.18
4.8-5.10.24811610.19411444X-RAY DIFFRACTION98.53
5.1-5.490.24491640.21021462X-RAY DIFFRACTION99.03
5.49-6.040.30341570.22991454X-RAY DIFFRACTION98.9
6.04-6.90.27751610.23011452X-RAY DIFFRACTION99.26
6.9-8.650.22981620.20921465X-RAY DIFFRACTION98.25
8.65-28.680.22271590.22481454X-RAY DIFFRACTION96.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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