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- PDB-8deg: Crystal structure of DLK in complex with inhibitor DN0011197 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8deg
タイトルCrystal structure of DLK in complex with inhibitor DN0011197
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / DLK / kinase / inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / protein autophosphorylation / growth cone / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / protein autophosphorylation / growth cone / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12/13 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SIQ / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Srivastava, A. / Lexa, K. / de Vicente, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Selective Dual Leucine Zipper Kinase/Leucine Zipper-Bearing Kinase Inhibitors with Neuroprotective Properties in In Vitro and In Vivo Models of Amyotrophic Lateral Sclerosis.
著者: Craig 2nd, R.A. / Fox, B.M. / Hu, C. / Lexa, K.W. / Osipov, M. / Thottumkara, A.P. / Larhammar, M. / Miyamoto, T. / Rana, A. / Kane, L.A. / Yulyaningsih, E. / Solanoy, H. / Nguyen, H. / Chau, ...著者: Craig 2nd, R.A. / Fox, B.M. / Hu, C. / Lexa, K.W. / Osipov, M. / Thottumkara, A.P. / Larhammar, M. / Miyamoto, T. / Rana, A. / Kane, L.A. / Yulyaningsih, E. / Solanoy, H. / Nguyen, H. / Chau, R. / Earr, T. / Kajiwara, Y. / Fleck, D. / Lucas, A. / Haddick, P.C.G. / Takahashi, R.H. / Tong, V. / Wang, J. / Canet, M.J. / Poda, S.B. / Scearce-Levie, K. / Srivastava, A. / Sweeney, Z.K. / Xu, M. / Zhang, R. / He, J. / Lei, Y. / Zhuo, Z. / de Vicente, J.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8832
ポリマ－36,4101
非ポリマー4731
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.837, 39.141, 62.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream ...Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream kinase / MUK / Mixed lineage kinase


分子量: 36409.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K12, ZPK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12852, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-SIQ / methyl (1S,4S)-5-{(4P)-4-[5-amino-6-(difluoromethoxy)pyrazin-2-yl]-6-[(1R,4R)-2-azabicyclo[2.1.1]hexan-2-yl]pyridin-2-yl}-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate


分子量: 473.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25F2N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7
詳細: 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M HEPES pH 7.7, 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→30.43 Å / Num. obs: 6597 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 539 / % possible all: 81.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Not public

解像度: 2.79→30.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 24.615 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.508 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2966 336 5.1 %RANDOM
Rwork0.2484 ---
obs0.2508 6249 95.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.67 Å2 / Biso mean: 50.248 Å2 / Biso min: 22.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å2-0 Å2-1.22 Å2
2---2.03 Å2-0 Å2
3---1.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→30.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2140 0 34 30 2204
Biso mean--40.74 31.82 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.6563040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0281.5914871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3375265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.94322.243107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96715383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
LS精密化 シェル解像度: 2.792→2.864 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 20 -
Rwork0.377 338 -
all-358 -
obs--71.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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