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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ddm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) E166R Mutant in Complex with Inhibitor GC376 | ||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Protease / SARS-CoV-2 / Mpro / Mutation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / copper ion binding / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Lewandowski, E.M. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: A yeast-based system to study SARS-CoV-2 Mpro structure and to identify nirmatrelvir resistant mutations. 著者: Ou, J. / Lewandowski, E.M. / Hu, Y. / Lipinski, A.A. / Aljasser, A. / Colon-Ascanio, M. / Morgan, R.T. / Jacobs, L.M.C. / Zhang, X. / Bikowitz, M.J. / Langlais, P.R. / Tan, H. / Wang, J. / Chen, Y. / Choy, J.S. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: A yeast-based system to study SARS-CoV-2 M pro structure and to identify nirmatrelvir resistant mutations. 著者: Ou, J. / Lewandowski, E.M. / Hu, Y. / Lipinski, A.A. / Morgan, R.T. / Jacobs, L.M.C. / Zhang, X. / Bikowitz, M.J. / Langlais, P. / Tan, H. / Wang, J. / Chen, Y. / Choy, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ddm.cif.gz | 134.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ddm.ent.gz | 102.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ddm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ddm_validation.pdf.gz | 778.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ddm_full_validation.pdf.gz | 781.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ddm_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ddm_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/8ddm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/8ddm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ddiC 7lyhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33853.625 Da / 分子数: 1 / 変異: E166R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-K36 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Magnesium Chloride, 20% PEG 3350, 10% 1-6HexD, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.1M Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 6825 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 13.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.78→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 319 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LYH 解像度: 2.78→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 33.6 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.62 Å2 / Biso mean: 47.528 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.78→48.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.782→2.854 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.9911 Å / Origin y: 0.4463 Å / Origin z: 4.9118 Å
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