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- PDB-8ddl: SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) H163A Mutant Apo Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ddl
タイトルSARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) H163A Mutant Apo Structure
要素(ORF1a polyprotein) x 2
キーワードHYDROLASE / cysteine protease / SARS-CoV-2 / 3CL-like / disulfide bond / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus ...Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ORF1a polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tran, N. / McLeod, M.J. / Kalyaanamoorthy, S. / Ganesan, A. / Holyoak, T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The H163A mutation unravels an oxidized conformation of the SARS-CoV-2 main protease.
著者: Tran, N. / Dasari, S. / Barwell, S.A.E. / McLeod, M.J. / Kalyaanamoorthy, S. / Holyoak, T. / Ganesan, A.
履歴
登録2022年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF1a polyprotein
B: ORF1a polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1318
ポリマ－67,5332
非ポリマー5986
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.832, 101.463, 102.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ORF1a polyprotein


分子量: 33758.477 Da / 分子数: 1 / 変異: H163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U3EDN3
#2: タンパク質 ORF1a polyprotein


分子量: 33774.477 Da / 分子数: 1 / 変異: H163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U3EDN3

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非ポリマー , 5種, 382分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5 and 26% (v/v) PEG Smear Broad (BCS B11)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→102.95 Å / Num. obs: 52678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 14.04 % / Rmerge(I) obs: 1.082 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2569 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALS3.8.0データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ALH

7alh


解像度: 1.95→56.54 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2067 2661 5.06 %
Rwork0.1683 --
obs0.1702 52592 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→56.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4632 0 39 376 5047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7586655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6481797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.980.28211310.23092354X-RAY DIFFRACTION91
1.98-2.010.25821260.21132616X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.060.1941130.19652622X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.10.24641540.18022583X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.24311350.17312630X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.20.2161130.17232624X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.260.2321490.17292623X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.330.22591300.1752629X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40.21561280.18012608X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.490.24581890.19022578X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.21671440.1832608X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.710.25721610.18562633X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.850.23821200.18112644X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.030.20691260.18152654X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.260.25841530.19282642X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.590.19831450.16352665X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.110.17271280.1472692X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.180.1511550.13292705X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9932-1.6172-0.10353.26350.9162.8555-0.2057-0.44360.29160.4890.17080.0484-0.1397-0.21570.02520.28570.03110.00470.2202-0.03910.183212.987432.0259-11.0949
23.7793-0.42620.82972.52010.9141.7130.0226-0.1394-0.11640.1802-0.03550.22760.0862-0.14650.0080.18890.00980.02030.1604-0.01650.151210.344821.8663-23.4512
34.2923-0.6186-0.65315.06072.39966.194-0.06510.0324-0.0452-0.2007-0.05760.1874-0.286-0.08830.10690.25910.0349-0.00840.1769-0.02590.160813.90148.3233-44.8073
43.9707-1.869-0.45582.04290.28661.07680.06390.1289-0.0322-0.1897-0.0245-0.1377-0.02030.0318-0.0550.2036-0.02890.01240.13860.01190.153936.81925.6991-19.3667
53.5155-2.9193-0.82575.91821.95262.264-0.0938-0.14140.5569-0.07110.2212-0.6942-0.16040.3639-0.12740.1764-0.05070.02990.2619-0.02130.332151.1883.5365-18.6427
63.07641.26310.15763.51710.78231.2501-0.0487-0.3249-0.06780.19630.1052-0.2593-0.06040.0581-0.07270.19730.0317-0.03840.21630.01240.157738.48943.0677-9.607
73.14752.21461.30666.43691.18830.9623-0.17710.5042-0.0596-0.99040.198-0.4098-0.20760.14520.02520.30420.01280.04510.23540.01240.235526.39982.9415-23.2549
85.2117-0.7861-0.48222.30220.3021.25790.03590.1658-0.3172-0.08540.0639-0.05050.0167-0.0433-0.11470.1502-0.0171-0.00560.1310.02980.176930.2731-3.4582-19.546
93.33490.72640.62374.55610.423.1096-0.0092-0.1712-0.05620.05670.05190.13440.062-0.2157-0.04090.1475-0.0296-0.00420.23540.03220.19672.4869-8.8739-16.9025
102.65010.72723.516.1858-2.7137.1132-0.2015-0.20650.67280.40810.02460.1881-0.8638-0.87320.06040.2043-0.0027-0.00130.322-0.00640.358810.19821.0664-13.6282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 100 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 200 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 301 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 51 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 77 through 110 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 111 through 143 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 144 through 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 201 through 284 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 285 through 302 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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