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- PDB-8ddh: Racemic mixture of FYF peptide reveals rippled beta-sheet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ddh
タイトルRacemic mixture of FYF peptide reveals rippled beta-sheet
要素PHE-TYR-PHE
キーワードPROTEIN FIBRIL / Rippled beta-sheet / Racemic peptide
生物種Synthetic Construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Hazari, A. / Eisenberg, D.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: The rippled β-sheet layer configuration-a novel supramolecular architecture based on predictions by Pauling and Corey.
著者: Amaruka Hazari / Michael R Sawaya / Niko Vlahakis / Timothy C Johnstone / David Boyer / Jose Rodriguez / David Eisenberg / Jevgenij A Raskatov /
要旨: The rippled β-sheet is a peptidic structural motif related to but distinct from the pleated β-sheet. Both motifs were predicted in the 1950s by Pauling and Corey. The pleated β-sheet was since ...The rippled β-sheet is a peptidic structural motif related to but distinct from the pleated β-sheet. Both motifs were predicted in the 1950s by Pauling and Corey. The pleated β-sheet was since observed in countless proteins and peptides and is considered common textbook knowledge. Conversely, the rippled β-sheet only gained a meaningful experimental foundation in the past decade, and the first crystal structural study of rippled β-sheets was published as recently as this year. Noteworthy, the crystallized assembly stopped at the rippled β-dimer stage. It did not form the extended, periodic rippled β-sheet layer topography hypothesized by Pauling and Corey, thus calling the validity of their prediction into question. NMR work conducted since moreover shows that certain model peptides rather form pleated and not rippled β-sheets in solution. To determine whether the periodic rippled β-sheet layer configuration is viable, the field urgently needs crystal structures. Here we report on crystal structures of two racemic and one quasi-racemic aggregating peptide systems, all of which yield periodic rippled antiparallel β-sheet layers that are in excellent agreement with the predictions by Pauling and Corey. Our study establishes the rippled β-sheet layer configuration as a motif with general features and opens the road to structure-based design of unique supramolecular architectures.
履歴
登録2022年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHE-TYR-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4761
ポリマ－4761
非ポリマー00
水543
1
A: PHE-TYR-PHE

A: PHE-TYR-PHE

A: PHE-TYR-PHE

A: PHE-TYR-PHE

A: PHE-TYR-PHE

A: PHE-TYR-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8536
ポリマ－2,8536
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,-y+1/2,-z1
crystal symmetry operation7_565-x+1/2,-y+3/2,-z1
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,-y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)22.020, 9.570, 25.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.350, 90.000
Int Tables number15
Space group name H-MC12/c1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PHE-TYR-PHE


分子量: 475.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic Construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: needle
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: hexafluoroisopropanol and water

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→12.62 Å / Num. obs: 1905 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 16.017 % / Biso Wilson estimate: 7.996 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.1-1.138.2720.15510.67810.9860.16657
1.13-1.1610.8320.16112.831010.9970.17161.6
1.16-1.212.5740.1416.071360.9940.14780.5
1.2-1.2415.720.11920.561250.9980.12397.7
1.24-1.2817.4770.12718.231550.9980.131100
1.28-1.3315.7960.11922.011420.9980.12398.6
1.33-1.3917.1550.1123.111290.9980.11494.9
1.39-1.4517.1950.11722.591180.9980.121100
1.45-1.5217.7920.09624.681250.9970.09998.4
1.52-1.617.5810.09727.861170.9980.10198.3
1.6-1.718.1850.09429.71080.9960.097100
1.7-1.8117.9890.07834.1950.9990.081100
1.81-1.9615.2410.08731.231080.9990.0999.1
1.96-2.1518.6360.07337.76770.9990.075100
2.15-2.417.7310.06838.03930.9990.07100
2.4-2.7717.2580.07636.28620.9990.079100
2.77-3.3916.3330.06340.45600.9990.065100
3.39-4.816.0410.06438.984910.06698
4.8-12.62150.07335.98240.9980.076100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→12.62 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.0676 179 10 %
all0.0552 --
obs0.0552 1621 91.8 %
原子変位パラメータBiso max: 70.54 Å2 / Biso mean: 6.5074 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→12.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35 0 0 3 38
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.23 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.088 --
Rwork0.109 --
obs-374 72.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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