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万見
- PDB-8ddd: Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-9R ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ddd
タイトルIntramembrane recognition between transmembrane domains of IL-9R and common gamma chain
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • Interleukin-9 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / common gamma-chain cytokine receptor / transmembrane domain / receptor sharing
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-9 receptor activity / interleukin-9 binding / Interleukin-2 signaling / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interleukin-15 signaling / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding ...interleukin-9 receptor activity / interleukin-9 binding / Interleukin-2 signaling / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interleukin-15 signaling / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / Interleukin-7 signaling / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / lymphocyte differentiation / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular homeostasis / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of B cell differentiation / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / cytokine-mediated signaling pathway / T cell differentiation in thymus / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / gene expression / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-9 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lenoir Capello, R. / Cai, T. / Chou, J.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140887 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI150709 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132079 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural basis of gamma chain family receptor sharing at the membrane level.
著者: Cai, T. / Lenoir Capello, R. / Pi, X. / Wu, H. / Chou, J.J.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor common subunit gamma
B: Interleukin-9 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4052
ポリマ－7,4052
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, Inter-molecular NOEs
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6380 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / ...Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 3864.547 Da / 分子数: 1 / 断片: Transmembrane domain, residues 253-286 / 変異: M271V, C282F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il2rg / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P34902
#2: タンパク質・ペプチド Interleukin-9 receptor / IL-9 receptor / IL-9R


分子量: 3540.373 Da / 分子数: 1 / 断片: Transmembrane domain, residues 268-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il9r / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q01114

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC
122isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC
133isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
144isotropic42D 1H-15N TROSY-HSQC
153isotropic42D 1H-13C HSQC
164isotropic42D 1H-13C HSQC
171isotropic13D TROSY HNCA
182isotropic13D TROSY HNCA
191isotropic13D TROSY HN(CO)CA
1102isotropic13D TROSY HN(CO)CA
1111isotropic13D TROSY HNCO
1122isotropic13D TROSY HNCO
1131isotropic13D TROSY HN(CA)CO
1142isotropic13D TROSY HN(CA)CO
1153isotropic43D 1H-15N NOESY-TROSY
1164isotropic43D 1H-15N NOESY-TROSY
1175isotropic43D 1H-15N NOESY-TROSY
1183isotropic43D 1H-13C NOESY
1194isotropic43D 1H-13C NOESY
1205isotropic43D 1H-13C NOESY
1213isotropic22D Methyl-Amide Intermolecular NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O(15N,13C,85%2H)-labeled gamma-chain TMD in DMPC-DHPC Bicelles (q=0.4) for triple resonance experiments.gC(15N,13C,85%2H)90% H2O/10% D2O
bicelle20.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O(15N,13C,85%2H)-labeled IL-9 receptor TMD in DMPC-DHPC Bicelles (q=0.4) for triple resonance experiments.9R(15N,13C,85%2H)90% H2O/10% D2O
bicelle30.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O(15N,2H)-labeled gamma chain TMD mixed with (13C)-labeled IL-9 receptor TMD at 1:1 molar ratio in DMPC-DHPC Bicelles (q=0.4) for detecting inter-molecular NOEs.gC(15N,2H)-9R(13C)90% H2O/10% D2O
bicelle40.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O(15N,2H)-labeled IL-9 receptor TMD mixed with (13C)-labeled gamma-chain TMD at 1:1 molar ratio in DMPC-DHPC Bicelles (q=0.4) for detecting inter-molecular NOEs.9R(15N,2H)-gC(13C)90% H2O/10% D2O
bicelle50.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O(15N,13C)-labeled IL-9 receptor TMD mixed with (15N-13C)-labeled gamma-chain TMD at 1:1 molar ratio in DMPC-DHPC Bicelles (q=0.4) for detecting inter-molecular NOEs.9R(15N,13C)-gC(15N-13C)90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMTransmembrane domain of the common gamma-chain receptor15N, 13C, 85%2H1
40 mMDMPCnatural abundance1
100 mMDH6PCnatural abundance1
0.4 mMTransmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit15N, 13C, 85%2H2
40 mMDMPCnatural abundance2
100 mMDH6PCnatural abundance2
0.4 mMTransmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit13C3
0.4 mMTransmembrane domain of the common gamma-chain receptor15N, 2H3
80 mMDMPCdeuterated3
200 mMDH6PCdeuterated3
0.4 mMTransmembrane domain of the common gamma-chain receptor13C4
0.4 mMTransmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit15N, 2H4
80 mMDMPCdeuterated4
200 mMDH6PCdeuterated4
0.4 mMTransmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit13C5
0.4 mMTransmembrane domain of the common gamma-chain receptor15N, 2H5
80 mMDMPCdeuterated5
200 mMDH6PCdeuterated5
試料状態詳細: The condition used for all NMR data collection / イオン強度: 0.15 M / Label: NMR measurements / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 303 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8004

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu, Baxchemical shift calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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