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- PDB-8dcq: CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 LM/HT CLADE A/E CRF01 GP120 CORE IN CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dcq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 LM/HT CLADE A/E CRF01 GP120 CORE IN COMPLEX WITH YIR-821
要素HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 GP120 / CLADE A/E CF01 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / Chem-R5K / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI129769 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Characterization of a Novel CD4 Mimetic Compound YIR-821 against HIV-1 Clinical Isolates.
著者: Matsumoto, K. / Kuwata, T. / Tolbert, W.D. / Richard, J. / Ding, S. / Prevost, J. / Takahama, S. / Judicate, G.P. / Ueno, T. / Nakata, H. / Kobayakawa, T. / Tsuji, K. / Tamamura, H. / Smith ...著者: Matsumoto, K. / Kuwata, T. / Tolbert, W.D. / Richard, J. / Ding, S. / Prevost, J. / Takahama, S. / Judicate, G.P. / Ueno, T. / Nakata, H. / Kobayakawa, T. / Tsuji, K. / Tamamura, H. / Smith 3rd, A.B. / Pazgier, M. / Finzi, A. / Matsushita, S.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,45113
ポリマ－39,4671
非ポリマー2,98412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.660, 67.280, 87.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 gp120 core


分子量: 39466.750 Da / 分子数: 1 / 変異: H61Y Q105H V108I H375T N474D I475M K476R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GNT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-R5K / N~1~-{(3R)-1-[2-(5-carbamimidamidopentanamido)ethyl]-1-azaspiro[5.5]undecan-3-yl}-N~2~-(4-chlorophenyl)ethanediamide


分子量: 534.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H40ClN7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 1500 5% PEG 400 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 8078 / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.276 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 722 / CC1/2: 0.464 / Rpim(I) all: 0.745 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ONF

6onf


解像度: 3.2→43.69 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 398 4.93 %
Rwork0.218 --
obs0.2206 8078 65.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2646 0 192 0 2838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0943981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.031456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.660.31311630.27132612X-RAY DIFFRACTION67
3.66-4.610.28841240.21132575X-RAY DIFFRACTION66
4.62-43.690.23121110.19772493X-RAY DIFFRACTION63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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