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- PDB-8dcn: Crystal structure of Clostridioides difficile binary toxin CDTb D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dcn
タイトルCrystal structure of Clostridioides difficile binary toxin CDTb D4 fragment in complex with BINTOXB/9 Fab
要素
  • ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
  • BINTOXB/9 Fab heavy chain
  • BINTOXB/9 Fab light chain
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / virulence / antibodies / neutralization / bacteria / TOXIN / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 ...Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase binding component
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Goldsmith, J.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for Binding of Neutralizing Antibodies to Clostridioides difficile Binary Toxin.
著者: Goldsmith, J.A. / Dewar, V. / Hermand, P. / Blais, N. / McLellan, J.S.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BINTOXB/9 Fab heavy chain
B: BINTOXB/9 Fab light chain
C: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
D: BINTOXB/9 Fab heavy chain
E: BINTOXB/9 Fab light chain
F: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0926
ポリマ－129,0926
非ポリマー00
水1,42379
1
A: BINTOXB/9 Fab heavy chain
B: BINTOXB/9 Fab light chain
C: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5463
ポリマ－64,5463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: BINTOXB/9 Fab heavy chain
E: BINTOXB/9 Fab light chain
F: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5463
ポリマ－64,5463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.209, 111.760, 148.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 126 or resid 134 through 213))
d_2ens_1(chain "D" and (resid 1 through 126 or resid 134 through 213))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNGLNPROPROAA1 - 1261 - 133
d_12ens_1SERSERARGARGAA134 - 213141 - 220
d_21ens_1GLNGLNPROPRODD1 - 1261 - 133
d_22ens_1SERSERARGARGDD134 - 213141 - 220
d_11ens_2ASPASPGLUGLUBB1 - 2121 - 218
d_21ens_2ASPASPGLUGLUEE1 - 2121 - 218
d_11ens_3ILEILEVALVALCC755 - 8753 - 123
d_21ens_3ILEILEVALVALFF755 - 8753 - 123

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

-
要素

#1: 抗体 BINTOXB/9 Fab heavy chain


分子量: 25075.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 BINTOXB/9 Fab light chain


分子量: 24210.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB / ADP-ribosyltransferase binding component / CdtB


分子量: 15259.141 Da / 分子数: 2 / Fragment: D4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: cdtB, E5F34_11700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DS70
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10.1% PEG3350, 13.4% 2-propanol, 0.2 M ammonium citrate pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→55.88 Å / Num. obs: 50515 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 58.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 4574 / CC1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UWT

6uwt


解像度: 2.6→55.88 Å / SU ML: 0.3775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 2482 4.91 %
Rwork0.2265 48033 -
obs0.2281 50515 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→55.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8644 0 0 79 8723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00268854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.581212044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04251337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.61593206
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.639258449078
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.840453704191
ens_3d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.639216406855
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.650.32931480.34392628X-RAY DIFFRACTION99.5
2.65-2.70.34021290.3382621X-RAY DIFFRACTION99.49
2.7-2.760.38781760.33612601X-RAY DIFFRACTION99.28
2.76-2.830.36331210.32112647X-RAY DIFFRACTION99.6
2.83-2.90.34291260.30962661X-RAY DIFFRACTION99.39
2.9-2.980.36941310.3312661X-RAY DIFFRACTION99.04
2.98-3.060.38761110.32162643X-RAY DIFFRACTION99.64
3.06-3.160.31451570.29052648X-RAY DIFFRACTION99.36
3.16-3.280.28681300.27492658X-RAY DIFFRACTION99.54
3.28-3.410.31721310.26692646X-RAY DIFFRACTION99.36
3.41-3.560.29181390.25342667X-RAY DIFFRACTION99.12
3.56-3.750.25431390.24522656X-RAY DIFFRACTION99.18
3.75-3.980.28061330.2142676X-RAY DIFFRACTION99.79
3.98-4.290.23551600.19042672X-RAY DIFFRACTION99.26
4.29-4.720.18821370.17142664X-RAY DIFFRACTION98.87
4.72-5.410.20441480.1692723X-RAY DIFFRACTION99.41
5.41-6.810.23671340.19492745X-RAY DIFFRACTION99.41
6.81-55.880.20681320.17392816X-RAY DIFFRACTION96.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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