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万見
- PDB-8dci: Crystal Structure of a highly resistant HIV-1 protease Clinical i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dci
タイトルCrystal Structure of a highly resistant HIV-1 protease Clinical isolate PR10x (inhibitor-free)
要素Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / HYDROLASE / HIV/AIDS / HIV protease / drug resistant clinical mutant / evolution of drug resistance / distal mutations
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wong-Sam, A.E. / Wang, Y.-F. / Weber, I.T.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AI150461 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AI150466 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)an NIH diversity supplement 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Graph.Model. / 年: 2022
タイトル: HIV-1 protease with 10 lopinavir and darunavir resistance mutations exhibits altered inhibition, structural rearrangements and extreme dynamics.
著者: Wong-Sam, A. / Wang, Y.F. / Kneller, D.W. / Kovalevsky, A.Y. / Ghosh, A.K. / Harrison, R.W. / Weber, I.T.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5692
ポリマ－21,5692
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.366, 81.351, 85.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease / PR / Retropepsin


分子量: 10784.560 Da / 分子数: 2
変異: Q7K, L10F, I13V, L19I, K20T, V32I, L33I, E35N, M36I, M46I, G48Q, I54L, L63P, C67E, A71V, T74S, L76V, I84V, L89V, L90M, T91S, I93L, C95A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: Clinical isolate PR10x / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Hanging-drop vapor diffusion using equal volumes of protein stock (3.9 mg/mL) and well reservoir solution. Cryoprotected in 30% glycerol. Crystallized in 0.85 M NaCl and 0.1 M sodium acetate pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 25357 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 148165
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.62-1.685.30.47624170.8950.2240.5281.00195
1.68-1.7560.38224930.940.1690.4191.00398.8
1.75-1.826.40.26725010.9720.1160.2921.00299
1.82-1.926.20.225460.980.0880.2191.00199.2
1.92-2.0460.15425590.9850.0690.1690.99899.3
2.04-2.25.80.12325270.9860.0560.136198.6
2.2-2.425.40.09924110.9890.0470.110.99394.2
2.42-2.776.30.08325820.9930.0370.0910.99699
2.77-3.495.80.06426160.9950.0290.070.99999.3
3.49-505.30.05427050.9960.0250.0591.00496.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.62 Å29.49 Å
Translation1.62 Å29.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L3S

7l3s
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.62→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2621 / WRfactor Rwork: 0.2317 / FOM work R set: 0.8593 / SU B: 1.841 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.0973 / SU Rfree: 0.0993 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1232 4.9 %RANDOM
Rwork0.1887 ---
obs0.1904 24067 97.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.06 Å2 / Biso mean: 26 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 0 0 126 1648
Biso mean---29.88 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131579
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.6422154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3491.5753722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6995206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.85423.0366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30515282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.345158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02335
LS精密化 シェル解像度: 1.622→1.664 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 73 -
Rwork0.253 1635 -
all-1708 -
obs--89.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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