PDB-8dcg: Structure of guanylylated RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dcg

タイトル

Structure of guanylylated RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii

要素

tRNA-splicing ligase RtcB

キーワード

LIGASE / RNA ligase / RtcB / RtcB-GMP / guanylylation / tRNA splicing / RNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intron homing / intein-mediated protein splicing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM126945	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30-CA008748	米国

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Structures of RNA ligase RtcB in complexes with divalent cations and GTP.
著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dcg.cif.gz	470.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dcg.ent.gz	321.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dcg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dcg_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dcg_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8dcg_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	8dcg_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dc9C 8dcaC 8dcbC 8dcdC 8dcfC 4dwqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (13) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (13) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA-splicing ligase RtcB

B: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
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1

A: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.560, 143.560, 80.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

tRNA-splicing ligase RtcB / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / tRNA ligase RtcB

分子量: 55753.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: rtcB, PH1602 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus
参照: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 104分子

#3: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.2 M ammonium sulfate cryoprotectant: 2.2 M ammonium sulfate, 22% (w/v) sucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.8917 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→47.85 Å / Num. obs: 67599 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4104 / CC_1/2: 0.711 / R_pim(I) all: 0.341 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DWQ

4dwq

解像度: 2.35→47.85 Å / SU ML: 0.2427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.4176
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	3286	4.87 %
R_work	0.1905	64229	-
obs	0.1918	67515	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7534	0	221	73	7828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	7913
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9615	10714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0581	1133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.381	1146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.338	121	0.2757	2363	X-RAY DIFFRACTION	85.07
2.38-2.42	0.2066	124	0.2332	2783	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.42-2.46	0.2357	118	0.2318	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.46-2.5	0.2508	154	0.2159	2755	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.5-2.55	0.2497	157	0.2271	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.55-2.6	0.2425	148	0.2285	2743	X-RAY DIFFRACTION	97.64
2.6-2.65	0.2787	131	0.2282	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.65-2.71	0.2629	138	0.2336	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.71-2.77	0.2523	132	0.2267	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.77-2.84	0.2542	142	0.2243	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.84-2.92	0.2966	145	0.2253	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.92-3	0.2513	133	0.2176	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3-3.1	0.243	140	0.2155	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.2405	151	0.225	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.34	0.2358	167	0.207	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.49	0.2168	120	0.2004	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.68	0.1857	147	0.1759	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.68-3.91	0.2112	176	0.1771	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.21	0.1964	131	0.1604	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.63	0.1654	167	0.1482	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.3	0.192	164	0.1592	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.3-6.67	0.2191	132	0.187	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.68-47.85	0.2109	148	0.1833	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.06573430442	-0.00731115883093	-0.700004692119	1.55392517797	0.0964674968479	2.22703042503	-0.00265896832961	-0.173236289144	0.399832515898	0.0370085754449	0.0506633359337	-0.1287729762	-0.277752571146	-0.0214984768693	-0.0470449265788	0.371626027401	0.0300299646598	-0.0372571757919	0.387417399581	-0.0465226431602	0.429088173172	54.3828629203	-40.4587227079	14.1545048015
2	1.39406363181	0.29332682906	0.625190388763	1.67371915642	0.589566970025	1.97703709075	-0.0546426812105	0.0576067697393	0.174843747413	-0.24430723392	-0.073364881232	0.272903859776	-0.156428754898	-0.392168937442	0.144003372212	0.306414825453	0.0538108681452	-0.0408181895735	0.380661128518	-0.000456241597982	0.34489093878	30.8044571603	-56.1522961423	-4.24734241597
3	1.65531014624	-0.334241852115	-0.186329184799	1.92604205662	1.16138095784	1.6334119891	-0.0456896371103	-0.138433804088	0.0652653363616	-0.0288727134179	-0.00964537687418	0.0340977259694	0.0602820061254	-0.199741719067	0.0509081117804	0.340397573239	0.0603415541344	0.00494423767659	0.327256123083	0.0146529347337	0.307522310484	35.9940901447	-58.0590975257	1.10445377501
4	2.26396678615	0.977442899714	0.698379078975	1.61696526184	0.309508716929	2.81399235055	0.129605795554	-0.296192442065	0.417478658194	0.131785883845	-0.16230002394	0.116127394386	-0.467274059056	-0.31112134465	0.0433404024584	0.399442671199	0.150798645865	0.0198376767362	0.523904788689	-0.12286551431	0.521758152355	34.8533395562	-35.6328505667	17.6558855282
5	1.31730611254	-0.174554391214	0.270793374217	1.96543486914	1.08129195952	2.24672191824	0.00330951981123	-0.169595518143	-0.0833629019089	0.108313537321	-0.064260244553	0.0557924280062	0.14609399534	-0.149629364804	0.0465892349045	0.302613457705	0.0151200041452	0.0387361982992	0.354189763402	0.0226783512772	0.357745505898	37.9343098347	-58.8523070581	7.86083483455
6	2.23171224208	-0.22103306104	0.516208970879	0.929539796595	0.66095506807	1.36074031574	-0.0398019712698	0.209834148983	0.400085897669	-0.306649111049	0.0149585167255	-0.173755007187	-0.339562653961	0.0853558176719	0.0068082412064	0.442487601494	0.026606435054	0.0272389260978	0.359135355902	0.0337269810084	0.461171633666	48.9083167934	-49.7851317947	-5.91840077117
7	1.21576092312	-0.0210160094837	-0.116551086364	1.07746420461	-0.00375363832765	1.23953033454	-0.0191456462843	0.0136529746222	0.173894961091	0.0040756543993	0.0967180157225	-0.0542507859156	-0.0336960058316	0.214133231233	-0.032297135182	0.349677447898	0.0508359497909	-0.0339480322899	0.340505365522	-0.0079263846639	0.32847700423	24.1203615011	-24.5359467828	-28.3019978917
8	1.71868164054	1.24736297539	2.3578763595	1.39016968339	1.16496889663	3.8649692103	0.173882668905	-0.356750610563	-0.408137552096	0.233399237493	0.043987512399	-0.129358118991	1.0172790392	0.212946922011	-0.216404910146	0.657944597888	0.0880235470256	0.077054296958	0.445932371058	0.0543142557654	0.542551383834	14.6787190566	-51.4051040323	-22.0493107823
9	2.23444175639	-0.204051739655	-1.46862562312	0.852824719259	0.212948695244	2.5427057645	-0.141827528215	-0.0880289551949	-0.141032808716	-0.0155894644814	0.10788552178	0.0991376229128	0.318563036748	0.134084411551	0.030204072922	0.360257861687	0.0642497076344	-0.0334003482604	0.320612302696	-0.000527750885127	0.339732239303	15.0022163393	-36.2499838078	-27.7478452377
10	1.30165746262	-0.394271998108	-0.345171609825	1.71487821416	-0.62565755722	1.71291470385	-0.0527110156046	-0.212591370318	0.276826710619	0.146892268326	0.00636286723485	-0.201968714706	-0.157052430978	0.253792998839	0.0236955044053	0.37225692002	0.037803692741	-0.00573406961726	0.369515914051	-0.0410305971946	0.451502909066	20.1997251528	-24.0040756979	-15.1026593026

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 88 )	A	A	1 - 88	1 - 88
2	2	chain 'A' and (resid 89 through 157 )	A	A	89 - 157	89 - 157
3	3	chain 'A' and (resid 158 through 237 )	A	A	158 - 237	158 - 237
4	4	chain 'A' and (resid 238 through 275 )	A	A	238 - 275	238 - 275
5	5	chain 'A' and (resid 276 through 373 )	A	A	276 - 373	276 - 373
6	6	chain 'A' and (resid 374 through 481 )	A	A	374 - 481	374 - 481
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 126 )	B	D	1 - 126	1 - 126
8	8	chain 'B' and (resid 127 through 158 )	B	D	127 - 158	127 - 158
9	9	chain 'B' and (resid 159 through 383 )	B	D	159 - 383	159 - 383
10	10	chain 'B' and (resid 384 through 481 )	B	D	384 - 481	384 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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