登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dcg |
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タイトル | Structure of guanylylated RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii |
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要素 | tRNA-splicing ligase RtcB |
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キーワード | LIGASE / RNA ligase / RtcB / RtcB-GMP / guanylylation / tRNA splicing / RNA repair |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intron homing / intein-mediated protein splicing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity ...RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intron homing / intein-mediated protein splicing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / GTP binding / DNA binding類似検索 - 分子機能 tRNA-splicing ligase RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. ...tRNA-splicing ligase RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 sucrose / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / tRNA-splicing ligase RtcB類似検索 - 構成要素 |
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生物種 |  Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å |
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データ登録者 | Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. |
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資金援助 | 米国, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) | R35-GM126945 | 米国 | National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) | P30-CA008748 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2022 タイトル: Structures of RNA ligase RtcB in complexes with divalent cations and GTP. 著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. |
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履歴 | 登録 | 2022年6月16日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2022年10月12日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2022年11月9日 | Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last |
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改定 1.2 | 2023年10月18日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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改定 1.3 | 2024年10月30日 | Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification |
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