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- PDB-8dcb: RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Ni2+ a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dcb | |||||||||
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Title | RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Ni2+ and GTP | |||||||||
![]() | tRNA-splicing ligase RtcB | |||||||||
![]() | LIGASE / RtcB / RNA ligase / tRNA splicing / RNA repair | |||||||||
Function / homology | ![]() RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity ...RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / GTP binding / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures of RNA ligase RtcB in complexes with divalent cations and GTP. Authors: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 474.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 324.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dc9C ![]() 8dcaC ![]() 8dcdC ![]() 8dcfC ![]() 8dcgC ![]() 4iszS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 55753.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: rtcB, PH1602 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase #2: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 6 types, 37 molecules 










#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-NI / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.75 Å3/Da / Density % sol: 67.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM NiCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2. ...Details: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM NiCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 5 mM NiCl2, 5 mM GTP, 20 %(w/v) sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.4857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→49.85 Å / Num. obs: 52086 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.68 Å / Redundancy: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4421 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.326 / % possible all: 99.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ISZ Resolution: 2.6→49.52 Å / SU ML: 0.3434 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.4527 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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