PDB-8dcf: RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Cu2+ a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dcf

タイトル

RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Cu2+ and GTP

要素

tRNA-splicing ligase RtcB

キーワード

LIGASE / RtcB / RNA ligase / tRNA splicing / RNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / RNA ligase (ATP) activity / intron homing / intein-mediated protein splicing / GMP binding / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM126945	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30-CA008748	米国

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Structures of RNA ligase RtcB in complexes with divalent cations and GTP.
著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dcf.cif.gz	479.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dcf.ent.gz	327.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dcf_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dcf_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	8dcf_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	8dcf_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dc9C 8dcaC 8dcbC 8dcdC 8dcgC 4iszS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (13) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: tRNA-splicing ligase RtcB

B: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
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1

A: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.105, 137.828, 149.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

tRNA-splicing ligase RtcB / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / tRNA ligase RtcB

分子量: 55753.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: rtcB, PH1602 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus
参照: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 147分子

#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.23 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.05 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM CuCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2. ...詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.05 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM CuCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM CuCl2, 5 mM GTP, 19.5 % (w/v) sucrose

結晶

マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.23 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.05 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM CuCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→49.92 Å / Num. obs: 64774 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 47.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.42→2.48 Å / 冗長度: 14 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4501 / CC_1/2: 0.773 / R_pim(I) all: 0.335 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ISZ

4isz

解像度: 2.42→49.56 Å / SU ML: 0.2693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.0037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	6251	5.06 %
R_work	0.1651	117333	-
obs	0.1671	64699	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→49.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7518	0	225	116	7859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	7883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	10672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0574	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7551	1132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.45	0.3099	221	0.2619	3841	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.45-2.48	0.2722	211	0.2528	3937	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.48-2.51	0.266	147	0.2332	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.54	0.2536	190	0.2218	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.57	0.2688	206	0.2177	3871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.61	0.2576	198	0.2093	3925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.64	0.2622	204	0.2131	3910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.68	0.2345	200	0.2239	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.2762	205	0.2284	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.73-2.77	0.2892	213	0.2315	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.82	0.2847	225	0.2085	3868	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.82-2.87	0.2446	206	0.2065	3888	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.87-2.92	0.2773	215	0.1978	3913	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.92-2.98	0.2512	205	0.1854	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.05	0.2339	269	0.174	3808	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.05-3.12	0.2378	222	0.1804	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.2	0.2103	174	0.1845	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.28	0.2251	237	0.1754	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.38	0.2187	234	0.1782	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.49	0.1949	184	0.1585	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.61	0.1893	210	0.1518	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.76	0.2013	193	0.1473	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.93	0.1659	242	0.1519	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.14	0.1853	213	0.1348	3896	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.14-4.4	0.1614	205	0.1265	3898	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.4-4.74	0.1762	218	0.1159	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.21	0.16	227	0.1313	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.21-5.96	0.1582	207	0.1547	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
5.97-7.51	0.2074	163	0.1675	3965	X-RAY DIFFRACTION	99.98
7.51-49.56	0.1906	207	0.1724	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84044790974	0.787253459001	0.330005243838	1.45939954011	0.000345312787586	2.09430596614	0.0321683281286	0.00208981056145	-0.249654297086	-0.0743755843023	0.0244891433841	-0.12505133421	0.2326410333	0.0729205447654	-0.0887616565049	0.355998666651	0.0551875992216	-0.00272242047811	0.288528857627	0.0433709673359	0.344957478999	12.3708022651	9.82008835905	23.3837005883
2	8.08680308346	-6.00694846412	-3.07078003374	4.46548186087	2.29208359266	1.21675136824	-0.247120399275	-0.974746815756	0.0301565434646	0.598683835787	0.315320540055	-0.260964754928	0.0604009611558	0.142023934412	-0.0654200065885	0.57819474946	-0.0652827763513	-0.0584478402136	0.643231657611	0.00154319645996	0.350843982263	17.6780797084	18.1344148394	50.8052768287
3	1.94695690655	0.693348025278	-0.00812699053834	1.30387711817	-0.0393651398406	1.85658511773	0.0298464299609	-0.191124329498	-0.0419438203625	0.0228046916593	-0.0562667804053	0.0283279065582	-0.0187343821528	0.00402984210228	0.0347425606123	0.356081082647	0.0397883181325	-0.000938890545142	0.310693465971	0.0655220210754	0.306833806805	12.6270724577	18.2785797034	34.0398511635
4	4.21621311434	0.439703783522	1.75335400989	1.48684451875	-0.754894790853	3.86996394682	0.224363327397	-0.242789125969	-0.76166562476	-0.337332021163	-0.15629354772	-0.477865024634	0.809781242668	0.576743565401	-0.0767560181943	0.535886730179	0.0873226942807	0.0636024086416	0.467927486336	0.0880848799175	0.528462686102	30.4229736192	12.1637014903	24.6935505484
5	4.79844698476	3.37031200332	-0.683821972099	7.30567347355	-0.00120180382072	2.65237279174	-0.151216581674	0.619125943623	-0.0368681574071	-0.574369975411	0.0267961607602	-0.215531137818	0.327888552823	0.302581264684	0.120319870775	0.440029433398	0.111365409352	-0.0227527750515	0.486174293354	0.0495971628594	0.36553487229	55.3511867656	-15.2492137711	43.7175891608
6	3.01373065468	-0.0339030868103	-0.142480334748	0.757660815339	0.200838262155	2.6594607044	0.033428079778	0.0907160311023	0.676248116945	0.0873182769979	-0.0143147232261	0.113188327638	-0.467035304129	-0.190358611215	-0.0486098935888	0.448382497105	0.0727322236789	0.00786068795512	0.352257865567	0.0797313629838	0.554558308996	35.7770798467	6.79549186899	60.3442279226
7	2.92052372323	0.38944436782	-1.47182349583	1.2465133751	-0.243938847163	2.67978098156	0.0368613379235	0.107716793946	0.250306840458	0.0553150638745	-0.00894446922983	-0.120337666207	-0.11356040517	0.166484380196	-0.0342579911464	0.382742960807	0.000992183769524	-0.0820214884415	0.338219761794	0.0686881921283	0.405788136051	47.2823344133	-0.234834598163	57.9134254491
8	4.81070588222	-2.92289521942	-0.235197875464	3.76370366058	-1.00633312013	3.00424039777	0.303635575977	0.848857326363	-0.276955186896	-0.762046604926	-0.137988843949	0.384358367011	0.550774233925	-0.634935078639	-0.193711870263	0.598160380474	-0.129780505072	-0.0954568025344	0.571554295209	0.0012837833637	0.525150775893	29.7727480976	-10.4644252699	51.9632649204

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 126 )	A	A	2 - 126	1 - 125
2	2	chain 'A' and (resid 127 through 157 )	A	A	127 - 157	126 - 156
3	3	chain 'A' and (resid 158 through 411 )	A	A	158 - 411	157 - 410
4	4	chain 'A' and (resid 412 through 481 )	A	A	412 - 481	411 - 480
5	5	chain 'B' and (resid 2 through 88 )	B	D	2 - 88	1 - 87
6	6	chain 'B' and (resid 89 through 157 )	B	D	89 - 157	88 - 156
7	7	chain 'B' and (resid 158 through 411 )	B	D	158 - 411	157 - 410
8	8	chain 'B' and (resid 412 through 481 )	B	D	412 - 481	411 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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