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- PDB-8dca: RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Co2+ a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dca
タイトルRNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Co2+ and GTP
要素tRNA-splicing ligase RtcB
キーワードLIGASE / RtcB / RNA ligase / tRNA splicing / RNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity ...RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / GTP binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region ...RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / : / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / tRNA-splicing ligase RtcB
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30-CA008748 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Structures of RNA ligase RtcB in complexes with divalent cations and GTP.
著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing ligase RtcB
B: tRNA-splicing ligase RtcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,71923
ポリマ－111,5082
非ポリマー3,21221
水19811
1
A: tRNA-splicing ligase RtcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,50213
ポリマ－55,7541
非ポリマー1,74812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA-splicing ligase RtcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,21710
ポリマ－55,7541
非ポリマー1,4649
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.161, 138.864, 149.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 tRNA-splicing ligase RtcB / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / tRNA ligase RtcB


分子量: 55753.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: rtcB, PH1602 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus
参照: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 30分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM CoCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 ...詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM CoCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 5 mM CoCl2, 5 mM GTP, 20 % (w/v) sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.606 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.606 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→49.96 Å / Num. obs: 64578 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 64.4 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 19.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4462 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.337 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ISZ

4isz


解像度: 2.43→49.77 Å / SU ML: 0.326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3761
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 5903 4.79 %
Rwork0.1769 117305 -
obs0.1781 64500 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→49.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7531 0 180 11 7722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00787866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.036310646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05751129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00891373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.34161132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.460.35651920.31463902X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.490.28131980.29043915X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.520.29672040.28253869X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.550.34631980.26923892X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.580.25292020.25843925X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.620.27131800.25673976X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.660.29181890.25073863X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.690.30151780.25913963X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.740.3462190.27153841X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.780.32832170.26623938X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.830.27071820.24643926X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.880.31612240.23723882X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.940.26841850.23423926X-RAY DIFFRACTION100
2.94-30.27881940.22023923X-RAY DIFFRACTION99.98
3-3.060.2751920.21643898X-RAY DIFFRACTION99.98
3.06-3.130.27122090.22643881X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.210.27752070.22413922X-RAY DIFFRACTION99.95
3.21-3.30.26492050.21473899X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.390.241770.21633949X-RAY DIFFRACTION99.95
3.39-3.50.22262320.18733863X-RAY DIFFRACTION99.98
3.5-3.630.22782040.17783889X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.770.19021710.16583926X-RAY DIFFRACTION99.95
3.77-3.950.19011570.16043965X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.150.16441800.14983932X-RAY DIFFRACTION100
4.15-4.410.15081930.1323903X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.760.14422200.12143921X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.230.14351760.13673909X-RAY DIFFRACTION99.98
5.23-5.990.16911950.15483915X-RAY DIFFRACTION99.98
5.99-7.540.19432140.16333904X-RAY DIFFRACTION100
7.54-49.770.15992090.15833888X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.234757152431.32135926839-1.553758646292.66577907931-0.1066040378056.03185539280.295641285893-0.304431155394-0.939592070157-0.00326754384127-0.0709827358746-0.1763206760570.660949379509-0.201407753838-0.2192337137310.602652365798-0.0160896247229-0.1642324924730.4592131881140.1779044878790.6811064146415.169686311854.5058604020318.5273424153
21.399670174190.6636640627660.3734330290682.1428982747-0.5496228906052.504907603740.370229431834-1.25402492337-0.4310211455170.480790199484-0.328679886302-0.2036141992310.00722138260422-0.0660730088713-0.04516651647780.620726721711-0.0897798376597-0.1197604898330.9373307318380.1823607045940.54197100377323.321764069621.074770157641.8750089318
32.430889710991.35521903639-0.01620918789882.228844934950.1841133024831.354546620980.261660840758-0.935817822068-0.365058524140.318727658385-0.23037905558-0.02928617979450.207050311139-0.324820255251-0.0297669415710.616692928238-0.0582584827072-0.09094302011160.879454698150.2694572157080.50923081562313.318303261817.849561689137.7524074232
42.28075292731.760418558420.3108289052591.362025825910.2719199686552.689345447460.194926241198-0.32334280206-0.816194482934-0.0661978727987-0.0555173560488-0.3287575660050.2395298510130.16126844975-0.141462102940.5897290160560.0101152191164-0.06076679082970.4975508549210.1835192759970.58866115103819.853684681316.576663894624.4986577153
58.928904175877.14292719053-6.883360598198.50306396483-6.315829367079.11680555755-0.1029191252060.831475801845-0.254450921912-0.04780504464450.146486338087-0.3892408861970.2615176522890.098604394457-0.02995727285480.5880735202110.14190248784-0.01472623225580.5940004887280.01175818856090.4283602027857.7996293147-21.669069193241.498808071
62.19318070932-0.0470439356335-1.151293401441.39910129707-0.4400032173241.813886598670.0867958785640.3981315790.57435785922-0.01297142858440.01593507627960.134458102441-0.259451839394-0.13285128102-0.09803894468590.484954210079-0.021719969602-0.1204141014380.4871575518910.173016349540.63227227902244.3596540007-1.6779031420654.3426252753
72.936670652690.535106796571-1.704424113261.84563623538-0.7244045274593.04050537820.07222573739410.3700846261420.6696002198730.09419182554450.1153509845490.149370408037-0.283202367409-0.0144082592975-0.1819893462090.544574512041-0.0473717221053-0.1296820833650.4014658625280.137011004790.6566608031447.90181417361.1602087564557.2360895698
83.07698479531-0.357774140686-1.810245560692.43608342574-0.390147367892.140568617250.1381262169361.031489209490.252324646397-0.229773641723-0.0178980237230.5249889115070.264009781183-0.53395952998-0.1305396816670.597322472772-0.0639945013448-0.1076081174410.6949771336630.1637981964820.58553710871334.6660118541-11.7696788553.5969637223
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 88 )AA2 - 882 - 88
22chain 'A' and (resid 89 through 157 )AA89 - 15789 - 157
33chain 'A' and (resid 158 through 339 )AA158 - 339158 - 339
44chain 'A' and (resid 340 through 481 )AA340 - 481340 - 481
55chain 'B' and (resid 1 through 24 )BE1 - 241 - 24
66chain 'B' and (resid 25 through 168 )BE25 - 16825 - 168
77chain 'B' and (resid 169 through 373 )BE169 - 373169 - 373
88chain 'B' and (resid 374 through 481 )BE374 - 481374 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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