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- PDB-8dc4: Crystal structure of p53 Y220C covalently bound to carbazole KG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dc4
タイトルCrystal structure of p53 Y220C covalently bound to carbazole KG3
要素Cellular tumor antigen p53
キーワードCELL CYCLE / TP53 / tumor suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of execution phase of apoptosis / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / glial cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitophagy / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / gastrulation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to salt stress / 14-3-3 protein binding / negative regulation of proteolysis / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription repressor complex
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R3R / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Guiley, K.Z. / Shokat, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)DRG: 2399-20 米国
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2023
タイトル: A Small Molecule Reacts with the p53 Somatic Mutant Y220C to Rescue Wild-type Thermal Stability.
著者: Guiley, K.Z. / Shokat, K.M.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cellular tumor antigen p53
A: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,77112
ポリマ－99,5044
非ポリマー1,2678
水4,936274
1
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1933
ポリマ－24,8761
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1933
ポリマ－24,8761
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1933
ポリマ－24,8761
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1933
ポリマ－24,8761
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.560, 68.560, 220.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 93 through 105 or resid 107...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 93 through 105 or resid 107...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 93 through 105 or resid 107...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 93 through 105 or resid 107...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METGLYB1 - 13
d_12ens_1TYRASPB15 - 56
d_13ens_1THRARGB58 - 64
d_14ens_1ARGGLNB66 - 73
d_15ens_1HISHISB76
d_16ens_1THRARGB78 - 89
d_17ens_1SERGLYB91 - 134
d_18ens_1ASPTHRB136 - 138
d_19ens_1ILEMETB140 - 154
d_110ens_1ARGARGB156 - 157
d_111ens_1ILEILEB159 - 163
d_112ens_1LEUPHEB165 - 178
d_113ens_1VALLEUB180 - 197
d_21ens_1METGLYA1 - 13
d_22ens_1TYRASPA15 - 56
d_23ens_1THRARGA58 - 64
d_24ens_1ARGGLNA66 - 73
d_25ens_1HISHISA76
d_26ens_1THRARGA78 - 89
d_27ens_1SERGLYA91 - 134
d_28ens_1ASPTHRA136 - 138
d_29ens_1ILEMETA140 - 154
d_210ens_1ARGARGA156 - 157
d_211ens_1ILEILEA159 - 163
d_212ens_1LEUPHEA165 - 178
d_213ens_1VALLEUA180 - 197
d_31ens_1METGLYC1 - 13
d_32ens_1TYRASPC15 - 56
d_33ens_1THRARGC58 - 64
d_34ens_1ARGGLNC66 - 73
d_35ens_1HISHISC76
d_36ens_1THRARGC78 - 89
d_37ens_1SERGLYC91 - 134
d_38ens_1ASPTHRC136 - 138
d_39ens_1ILEMETC140 - 154
d_310ens_1ARGARGC156 - 157
d_311ens_1ILEILEC159 - 163
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d_313ens_1VALLEUC180 - 197
d_41ens_1METGLYD1 - 13
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d_44ens_1ARGGLND66 - 73
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d_49ens_1ILEMETD140 - 154
d_410ens_1ARGARGD156 - 157
d_411ens_1ILEILED159 - 163
d_412ens_1LEUPHED165 - 178
d_413ens_1VALLEUD180 - 197

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.505668424023, -0.862096263441, 0.0330072341603), (-0.862474192754, -0.504221795607, 0.0435734743616), (-0.020921562556, -0.050501617747, -0.99850481963)33.0517310666, 55.9182238863, 76.3945926459
2given(0.497213449979, 0.865731447737, -0.0573397380542), (-0.867289404575, 0.497779529005, -0.00496278304425), (0.0242461104522, 0.0521977097545, 0.998342388775)-64.6384710925, 38.663293774, -38.9366667325
3given(0.999997205591, -0.00232266432926, -0.000440501009649), (-0.00232213445811, -0.999996584315, 0.00119960372633), (-0.000443285781821, -0.00119857747158, -0.999999183455)-34.138358762, 98.8708215924, 111.015329477

-
要素

#1: タンパク質
Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 24876.016 Da / 分子数: 4 / 変異: Y220C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-R3R / 9-propanoyl-9H-carbazole-3-carbaldehyde, bound form


分子量: 251.280 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, 2.2M MgSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.37 Å / Num. obs: 45347 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.959 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 6668 / CC1/2: 0.533

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J1X

2j1x


解像度: 2.4→59.37 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 62.44 / 位相誤差: 26.3609
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 2292 5.06 %
Rwork0.1607 42994 -
obs0.1758 45286 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6164 0 80 274 6518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01116634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07499077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2902975
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.750820559226
ens_1d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.692458855417
ens_1d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.396923952737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.450.30421560.28432726X-RAY DIFFRACTION94.52
2.45-2.510.44421540.27572645X-RAY DIFFRACTION94.5
2.51-2.570.32981760.26822627X-RAY DIFFRACTION93.72
2.57-2.640.28491260.25692749X-RAY DIFFRACTION95.62
2.64-2.720.30991600.25372674X-RAY DIFFRACTION94.35
2.72-2.810.37331380.22632660X-RAY DIFFRACTION95.07
2.81-2.910.35261440.22022712X-RAY DIFFRACTION94.92
2.91-3.020.23561220.20722670X-RAY DIFFRACTION95.63
3.02-3.160.29041260.1952703X-RAY DIFFRACTION95.55
3.16-3.330.29281380.18382674X-RAY DIFFRACTION95.02
3.33-3.540.21521380.16032710X-RAY DIFFRACTION95.15
3.54-3.810.21061440.14932731X-RAY DIFFRACTION94.99
3.81-4.190.19541300.13022671X-RAY DIFFRACTION95.29
4.2-4.80.18041400.1112685X-RAY DIFFRACTION95.04
4.8-6.040.16981500.11672670X-RAY DIFFRACTION94.68

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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