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- PDB-8dc0: Rat Betaglycan Zona Pellucida Domain (ZPC) in complex with mini m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dc0
タイトルRat Betaglycan Zona Pellucida Domain (ZPC) in complex with mini monomer TGFb2 (mmTGF-b2-7M2R)
要素
  • Transforming growth factor beta receptor type 3
  • Transforming growth factor beta-2
キーワードCYTOKINE / Complex / Betaglycan / TGFb2
機能・相同性
機能・相同性情報


TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / TGFBR3 regulates activin signaling / response to luteinizing hormone / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / transforming growth factor beta receptor complex assembly / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development ...TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / TGFBR3 regulates activin signaling / response to luteinizing hormone / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / transforming growth factor beta receptor complex assembly / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / Signaling by BMP / regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / inhibin-betaglycan-ActRII complex / ascending aorta morphogenesis / muscular septum morphogenesis / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / definitive erythrocyte differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / response to follicle-stimulating hormone / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / cardiac right ventricle morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta2 production / BMP binding / atrial septum morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / positive regulation of heart contraction / type III transforming growth factor beta receptor binding / apoptotic process involved in morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Signaling by Activin / negative regulation of macrophage cytokine production / transforming growth factor beta receptor activity / glial cell migration / ventricular compact myocardium morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / secondary palate development / negative regulation of epithelial cell migration / somatic stem cell division / positive regulation of integrin biosynthetic process / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / membranous septum morphogenesis / heart valve morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / cardiac epithelial to mesenchymal transition / eye development / signaling / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / collagen metabolic process / embryonic digestive tract development / transforming growth factor beta receptor binding / cranial skeletal system development / neural retina development / type II transforming growth factor beta receptor binding / pulmonary valve morphogenesis / activation of protein kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / heart trabecula morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / glycosaminoglycan binding / cell-cell junction organization / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of Ras protein signal transduction / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / transforming growth factor beta binding / collagen fibril organization / negative regulation of extracellular matrix assembly / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / embryo development ending in birth or egg hatching / atrioventricular valve morphogenesis / odontogenesis / endocardial cushion morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / Molecules associated with elastic fibres / dopamine biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / hair follicle morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / generation of neurons / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of Notch signaling pathway / blood vessel development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / uterus development / fibroblast growth factor binding / inner ear development / roof of mouth development
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / : / : / : / ZP-N domain / Transforming growth factor-beta / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / : / : / : / ZP-N domain / Transforming growth factor-beta / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta receptor type 3 / Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Wieteska, L. / Taylor, A.B. / Hinck, A.P.
資金援助 米国, European Union, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM058067 米国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission893196European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rat Betaglycan Zona Pellucida Domain (ZPC) in complex with mini monomer TGFb2 (mmTGF-b2-7M2R)
著者: Wieteska, L. / Taylor, A.B. / Hinck, A.P.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta receptor type 3
B: Transforming growth factor beta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8612
ポリマ－32,8612
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, isothermal titration calorimetry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)76.456, 90.453, 98.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-221-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta receptor type 3 / TGF-beta receptor type 3 / TGFR-3 / Betaglycan / Transforming growth factor beta receptor III / TGF- ...TGF-beta receptor type 3 / TGFR-3 / Betaglycan / Transforming growth factor beta receptor III / TGF-beta receptor type III


分子量: 19915.881 Da / 分子数: 1 / 断片: ZPC domain (UNP residues 590-757) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tgfbr3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26342
#2: タンパク質 Transforming growth factor beta-2 / mmTGF-b2-7m2r / TGF-beta-2


分子量: 12944.903 Da / 分子数: 1 / 断片: mmTGF-b2-7m2r (UNP residues 303-414) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61812
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 13% PEG4000, 0.1 M trisodium citrate, 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→66.74 Å / Num. obs: 26131 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 38.51 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1789 / Rrim(I) all: 0.1863 / Net I/σ(I): 9.27
反射 シェル解像度: 1.93→1.999 Å / Num. unique obs: 2560 / CC1/2: 0.404

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3QW9 & 5TX4

3qw9

5tx4


解像度: 1.93→66.74 Å / SU ML: 0.2869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1998 7.65 %
Rwork0.2186 24109 -
obs0.2215 26107 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→66.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2046 0 0 85 2131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91512842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0805314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1793777
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.44941400.3921697X-RAY DIFFRACTION99.57
1.98-2.030.39721410.35871688X-RAY DIFFRACTION99.95
2.03-2.090.34531400.3171696X-RAY DIFFRACTION99.84
2.09-2.160.35741410.29191704X-RAY DIFFRACTION99.89
2.16-2.240.29471420.27111695X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.330.30171420.27551715X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.430.31921400.25421694X-RAY DIFFRACTION99.89
2.43-2.560.31171430.23621722X-RAY DIFFRACTION99.79
2.56-2.720.2711420.23891717X-RAY DIFFRACTION99.95
2.72-2.930.27071430.22491722X-RAY DIFFRACTION99.79
2.93-3.220.29121430.22331727X-RAY DIFFRACTION99.79
3.23-3.690.22381440.19451742X-RAY DIFFRACTION99.84
3.69-4.650.22451440.17771734X-RAY DIFFRACTION99.84
4.65-66.740.21111530.19641856X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.651377602630.775698668992.037325574781.416710623351.573484066192.61421878682-0.0722482236788-0.07125738008110.03842829334260.0749252379779-0.2051726237030.2647370367480.0605534540059-0.651314556550.2892578601590.35984298441-0.02681445503510.09134589955780.574517641757-0.07692133225710.47385760965413.378317323613.924613236718.7429458582
23.916836963461.455036593380.5185677107744.353055659181.381619628132.844835628730.0725066219699-0.3087989724390.139511573670.193461115156-0.151461278612-0.0376182515246-0.0620945216971-0.09924618096540.07949244622390.2430246984620.007094168050040.01263830617040.371364671119-0.02113710899820.28333026517725.849378663816.595363919215.8847059418
32.22096628677-0.805898796325-2.22340058615.147110691235.852171216797.456645191450.2229258514360.874658561019-1.086184767320.114701883782-0.3349765359761.507404375961.162547188660.5195240268460.3995696766470.8600993989030.114734270734-0.1392114363661.13322130632-0.007076001178331.0524350830516.04682888725.453613211531.1594842002
45.164126451660.4871427284321.186956541766.379034440083.607929905023.50470450255-0.0852052229527-0.3259585202340.2215307976340.123332254114-0.3589237449010.2876734759820.0190270151911-0.4389960070530.4100971580680.217666332029-0.01913588114190.02231261560460.5410432898430.0287695942360.30521344368118.534610106615.5523897511.2838721011
54.668719336075.707130703396.069009498667.931174088846.665496416628.82108373932-0.0827073467156-0.2773919663510.6682553996420.349990266336-0.05293366257450.1577088615490.0390367999688-0.135646217667-0.07269351548840.2648909750860.01609378502320.008955718476620.428811785632-0.09309309002830.31144373899627.332984674412.379339826517.5810929952
64.51064344798-1.62614199836-1.199590375536.56155880941-0.7678450264376.36016838569-0.00258175231729-0.7247201993850.3387566710790.3115236569010.07334134098880.0198704864414-0.1949076383050.468879339986-0.04008107224030.276480204599-0.0497471192009-0.008455843833990.503599695168-0.2179494098750.47950137748338.032895677323.902891919122.5644739285
79.434909958165.347931902555.032717486187.887691187386.080526138858.82047242780.318474578679-0.328509653782-0.326456829861-0.114730609965-0.3523311241920.3125985679830.224355165711-1.091035931940.1620544058340.3498499887320.009520704201570.1226127951410.267637576319-0.01535762686260.28880104307618.07962428848.7968853424712.1830402379
85.41584499289-1.705377760951.931364030622.448375618-0.8120741318129.014751558750.0856274960518-0.3876489740720.278980892187-0.128980485989-0.159581929848-0.7141811058780.1459217777220.7340333104290.09680583566580.3380389329170.0109614213522-0.02186751048660.4562038764450.05906651356880.47083252545467.74947045883.242059563839.44613817965
99.47569886834-6.538435663941.137070576584.60406787312-0.7393687457360.880630589644-0.0638444746684-0.347167754807-1.33553533426-0.02814564912850.1719522783481.099997985880.312605730617-0.246755679298-0.1544418372580.3648082399420.0045224422160.03565053040580.4301782256360.02131255412950.45130466867943.19641040519.843605451568.10256557045
103.08416891856-1.17677652392-1.951066190666.27442782410.4490695621281.28212456617-0.088477580533-0.03814902037450.2240492698270.802567533681-0.0869733727759-0.194426801758-0.2200865289560.5952526100260.2593338937470.370513153071-0.0398584318791-0.001609193734450.4042778087430.03958638010890.33721676182162.79258002914.917339722616.9389070858
116.59437148286-6.330160287416.448146332536.12581897104-6.194897091916.26092419483-0.0457166994254-0.4886476829830.395570231245-0.2379065912470.48812265540.105021008794-0.169621709480.264679949163-0.6411519095930.546123536520.0732508823844-0.07973551458030.73767575887-0.1568930811640.54371745334662.316977021912.12153710216.6179240534
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139.9739010171-5.445188670865.69920682629.48956991559-5.488310180526.68353713507-0.715141148225-0.8446374984340.4869620249760.691182953520.156166246975-0.642946365392-0.28596305974-0.1363369711650.6545886234170.4373190951880.0045696232209-0.082054572120.570462845818-0.1205316121650.49867894077161.382089260112.40361963115.0007578934
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 15 through 41 )AA15 - 411 - 27
22chain 'A' and (resid 42 through 93 )AA42 - 9328 - 79
33chain 'A' and (resid 94 through 107 )AA94 - 10780 - 93
44chain 'A' and (resid 108 through 123 )AA108 - 12394 - 109
55chain 'A' and (resid 124 through 135 )AA124 - 135110 - 121
66chain 'A' and (resid 136 through 167 )AA136 - 167122 - 153
77chain 'A' and (resid 168 through 181 )AA168 - 181154 - 167
88chain 'B' and (resid 1 through 20 )BB1 - 201 - 20
99chain 'B' and (resid 21 through 37 )BB21 - 3721 - 37
1010chain 'B' and (resid 38 through 76 )BB38 - 7638 - 52
1111chain 'B' and (resid 77 through 85 )BB77 - 8553 - 61
1212chain 'B' and (resid 86 through 101 )BB86 - 10162 - 77
1313chain 'B' and (resid 102 through 112 )BB102 - 11278 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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