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- PDB-8dax: New insights into the P186 flip and oligomeric state of Staphyloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dax
タイトルNew insights into the P186 flip and oligomeric state of Staphylococcus aureus exfoliative toxin E: implications for the exfoliative mechanism
要素Exfoliative toxin E
キーワードTOXIN / ETE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Gismene, C. / Nascimento, A.F.Z. / Hernandez-Gonzalez, J.E. / Santisteban, A.R.N. / de Moraes, F.R. / Arni, R.K. / Mariutti, R.B.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/13921-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/10214-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/07977-3 ブラジル
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Staphylococcus aureus Exfoliative Toxin E, Oligomeric State and Flip of P186: Implications for Its Action Mechanism.
著者: Gismene, C. / Hernandez Gonzalez, J.E. / Santisteban, A.R.N. / Ziem Nascimento, A.F. / Dos Santos Cunha, L. / de Moraes, F.R. / de Oliveira, C.L.P. / Oliveira, C.C. / Jocelan Scarin Provazzi, ...著者: Gismene, C. / Hernandez Gonzalez, J.E. / Santisteban, A.R.N. / Ziem Nascimento, A.F. / Dos Santos Cunha, L. / de Moraes, F.R. / de Oliveira, C.L.P. / Oliveira, C.C. / Jocelan Scarin Provazzi, P. / Pascutti, P.G. / Arni, R.K. / Barros Mariutti, R.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exfoliative toxin E
B: Exfoliative toxin E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0242
ポリマ－57,0242
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.744, 97.744, 116.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Exfoliative toxin E / Serine protease


分子量: 28511.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: etD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: L0RUV7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 4 M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→48.92 Å / Num. obs: 138763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.314 % / Biso Wilson estimate: 36.271 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 17.85 / Num. measured all: 1847423
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.61-1.7112.742.3220.9528607222480224540.4552.41999.9
1.71-1.8312.4481.1941.9426201621050210490.7531.246100
1.83-1.9813.7070.5344.6826975319680196800.9410.554100
1.98-2.1613.6330.2569.6824601518045180450.9860.266100
2.16-2.4212.6840.14116.620686216309163090.9950.146100
2.42-2.7914.3210.08727.8120650914420144200.9980.09100
2.79-3.4214.0180.05544.7617066712175121750.9990.057100
3.42-4.8212.9140.04160.62121586941594150.9990.043100
4.82-48.9214.9430.03969.1577943522652160.9990.04199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C2Z

5c2z


解像度: 1.61→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.514 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 3650 5 %RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.2158 69347 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.75 Å2 / Biso mean: 33.64 Å2 / Biso min: 16.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3838 0 0 145 3983
Biso mean---34.42 -
残基数----496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7761.6535326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4181.5798496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8445498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09824.13184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36115685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2721513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02772
LS精密化 シェル解像度: 1.614→1.656 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 266 -
Rwork0.353 5058 -
all-5324 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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