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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8da9 | |||||||||
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タイトル | Coevolved affibody-Z domain pair LL2.c3 | |||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / affibody | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jude, K.M. / Yang, A. / Garcia, K.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Deploying synthetic coevolution and machine learning to engineer protein-protein interactions. 著者: Yang, A. / Jude, K.M. / Lai, B. / Minot, M. / Kocyla, A.M. / Glassman, C.R. / Nishimiya, D. / Kim, Y.S. / Reddy, S.T. / Khan, A.A. / Garcia, K.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8da3C ![]() 8da4C ![]() 8da5C ![]() 8da6C ![]() 8da7C ![]() 8da8C ![]() 8daaC ![]() 8dabC ![]() 8dacC ![]() 5djtS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Affibody LL2. ... , 2種, 2分子 BD
#2: タンパク質 | 分子量: 7643.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 7670.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
-抗体 , 1種, 2分子 AC
#1: 抗体 | 分子量: 7815.640 Da / 分子数: 2 / 変異: Q9L, F13V, G29A, I31F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: spa / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 139分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4 M Ammonium sulfate 0.1M HEPES pH 7.0 Cryoprotected with 30% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88557 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→38 Å / Num. obs: 41323 / % possible obs: 95.84 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.62 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1129 / Rpim(I) all: 0.0467 / Rrim(I) all: 0.1224 / Net I/σ(I): 8.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.398 Å / 冗長度: 93.56 % / Rmerge(I) obs: 3.679 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 4054 / CC1/2: 0.172 / CC star: 0.542 / Rpim(I) all: 1.522 / Rrim(I) all: 3.989 / % possible all: 93.56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5djt 解像度: 1.35→38 Å / SU ML: 0.1875 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4308 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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