+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8da6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Coevolved affibody-Z domain pair LL1.c5 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | PROTEIN BINDING / affibody | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jude, K.M. / Yang, A. / Garcia, K.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Deploying synthetic coevolution and machine learning to engineer protein-protein interactions. 著者: Yang, A. / Jude, K.M. / Lai, B. / Minot, M. / Kocyla, A.M. / Glassman, C.R. / Nishimiya, D. / Kim, Y.S. / Reddy, S.T. / Khan, A.A. / Garcia, K.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 450.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8da3C ![]() 8da4C ![]() 8da5C ![]() 8da7C ![]() 8da8C ![]() 8da9C ![]() 8daaC ![]() 8dabC ![]() 8dacC ![]() 5djtS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 7836.637 Da / 分子数: 1 / 変異: Q9F, F13I, G29A, I31F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: spa / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 7702.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 抗体 | | 分子量: 7809.590 Da / 分子数: 1 / 変異: Q9F, F13I, G29A, I31F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: spa / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.38 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2.4 M ammonium Sulfate 0.1 M citric acid pH 5.0 cryoprotected with sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.77488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→35.8 Å / Num. obs: 36176 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06605 / Rpim(I) all: 0.01961 / Rrim(I) all: 0.06898 / Net I/σ(I): 20.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 0.95 % / Rmerge(I) obs: 3.09 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 3545 / CC1/2: 0.452 / CC star: 0.789 / Rpim(I) all: 0.9039 / Rrim(I) all: 3.223 / % possible all: 99.66 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5djt 解像度: 1.5→35.8 Å / SU ML: 0.2178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2242 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|