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- PDB-8da4: Coevolved affibody-Z domain pair LL1.c2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8da4
タイトルCoevolved affibody-Z domain pair LL1.c2
要素
  • Affibody LL1.FIVM
  • Immunoglobulin G-binding protein A
  • affibody LL1.FIVM
キーワードPROTEIN BINDING / affibody
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Jude, K.M. / Yang, A. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers FoundationMF-1802-00128 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Deploying synthetic coevolution and machine learning to engineer protein-protein interactions.
著者: Yang, A. / Jude, K.M. / Lai, B. / Minot, M. / Kocyla, A.M. / Glassman, C.R. / Nishimiya, D. / Kim, Y.S. / Reddy, S.T. / Khan, A.A. / Garcia, K.C.
履歴
登録2022年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein A
B: Affibody LL1.FIVM
C: Immunoglobulin G-binding protein A
D: affibody LL1.FIVM
E: Immunoglobulin G-binding protein A
F: affibody LL1.FIVM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5977
ポリマ－46,5016
非ポリマー961
水1,946108
1
A: Immunoglobulin G-binding protein A
B: Affibody LL1.FIVM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5182
ポリマ－15,5182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6780 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin G-binding protein A
D: affibody LL1.FIVM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5873
ポリマ－15,4912
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
3
E: Immunoglobulin G-binding protein A
F: affibody LL1.FIVM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4912
ポリマ－15,4912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.449, 72.449, 181.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-108-

HOH

21B-124-

HOH

31F-114-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA


分子量: 7802.622 Da / 分子数: 3 / 変異: Q9L, F13I, G29A, I31F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507
#2: タンパク質 Affibody LL1.FIVM


分子量: 7715.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 affibody LL1.FIVM


分子量: 7688.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.5 M AmmSO4, 0.1 M NaOAc pH 4.6 cryoprotected with Na malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.77487 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.77487 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→49.3 Å / Num. obs: 37848 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1035 / Rpim(I) all: 0.02097 / Rrim(I) all: 0.1056 / Net I/σ(I): 15.82
反射 シェル解像度: 1.92→1.989 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 3.227 / Num. unique obs: 3691 / CC1/2: 0.464 / CC star: 0.796 / Rpim(I) all: 0.7771 / Rrim(I) all: 3.324 / % possible all: 99.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
BUSTER精密化
PHASER位相決定
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5djt

5djt


解像度: 1.92→49.3 Å / SU ML: 0.2835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.4186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1856 4.91 %
Rwork0.2034 35920 -
obs0.2055 37776 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 5 108 2715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29523635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.77641016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.970.40491260.3412690X-RAY DIFFRACTION98.46
1.97-2.030.36371340.32992705X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.090.32471510.30522700X-RAY DIFFRACTION99.72
2.09-2.170.31711350.26852724X-RAY DIFFRACTION99.65
2.17-2.260.32061400.24462719X-RAY DIFFRACTION99.76
2.26-2.360.26461470.22282714X-RAY DIFFRACTION99.51
2.36-2.480.30921460.22662740X-RAY DIFFRACTION99.79
2.48-2.640.28121430.2362736X-RAY DIFFRACTION99.76
2.64-2.840.26681360.23222760X-RAY DIFFRACTION99.72
2.84-3.130.30061170.22152801X-RAY DIFFRACTION99.97
3.13-3.580.24211600.19752792X-RAY DIFFRACTION99.9
3.58-4.510.21731500.16352838X-RAY DIFFRACTION99.83
4.51-49.30.20041710.17533001X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.96055024588-1.19720915911-1.259806185122.10067633233-0.8600503191283.34098621350.159573097562-0.271860408770.297286040744-0.4110239523080.629199442443-0.571257444812-0.7750051669241.03356233422-0.6556680536640.657948933492-0.2091337116730.08329755253760.556099643132-0.2623651245920.52765279522331.756487326642.792521834998.7871427826
21.568565498561.009647462370.9227025712933.096443163421.099093617474.54701296186-0.1968626552730.4829247779380.0621260402601-0.7990882467070.432909443979-0.0158370695283-1.35088735975-0.043077293551-0.2642360766161.00941011364-0.1390276385440.1492963581060.3564051080580.02539949328950.46697187024423.934082035146.593704445388.9778543892
30.2064738863270.512088459850.1297188000131.617314321760.05400162397420.271475213915-0.02433428907340.248500283288-0.0571094476168-0.5517135978690.354256314972-0.436542761862-0.6891233294750.238273086010.1044988846911.33616248397-0.6728582412320.4053899089170.0235520993404-0.1121729466750.65620516567528.222924906153.469621882292.8173755019
41.874171695920.468737940743-0.1827801426361.14179380788-1.472340783138.983723020370.05722883981220.669322816520.17615303661-0.8822318508470.1541241438280.375991476231-0.970557981471-0.358344735194-0.215276585980.549535937238-0.0544594036942-0.0150744270720.425591834129-0.002661741943890.42753988675817.662917101938.544814125591.2615713325
54.57735924205-0.833357293704-0.5932249983763.54593242128-0.3380575891235.198885302940.00610921520052-0.3603944739690.1556614166951.11697694686-0.06138660933480.207594416913-0.176910944466-0.0938775055889-0.04420249711640.618292404384-0.0788379770977-0.000681251449620.2980811601-0.02992520163830.37325001770820.184860745937.8891897431107.391483774
62.451135191690.941525633785-0.3126932146732.2177797840.4563253091093.3136238447-0.141684228470.0592503628351-0.217102859391-0.3170790859790.122042755171-0.412187156508-0.2552891789920.3698720223390.01866456773710.332712761961-0.0684536441428-0.009015304321990.270637684184-0.02843059192480.3589480551721.479172062630.913384544296.2389172304
78.6072237885-2.413217379110.8357755368421.90693550762.029131743757.29948807691-0.261111110864-0.904891839157-0.0261265418191.99332550761-0.3356068414631.082612456650.540368449326-0.3617353536530.4985342948350.945318809992-0.1618253962110.1607812883420.477217427247-0.01924099039530.44387930070512.399368278431.432580064111.084443832
84.50820533432-1.123584211730.1862774288158.93936521335-1.86649839064.78472028677-0.390286565737-0.1579391445620.211495615874-0.6965570902650.364532138917-0.5378026982180.3522981512850.1452089338050.1041887862330.367237264231-0.121397837249-0.007871495028570.639617697323-0.03789319603670.34143448921221.8407765117.373988927466.0597293935
95.95777370003-0.166226250251-0.3872242253824.514481310310.4302366216236.49484601533-0.0136730288525-0.6867432953850.9080284935450.308199346089-0.4011501846430.406717454486-0.42844070921-0.1202323294450.379192419810.270437046348-0.017748360236-0.06030863826750.509100811777-0.1356590141640.44960934445310.58701858523.544508429264.1164374611
106.81601470529-1.84722354783-2.333214844963.146183207110.8746497954945.426351538130.2664910653340.775186896228-0.092810653159-0.62028187852-0.4756596412090.255022397601-1.09664951718-0.08956212509780.2743792465190.637256896890.00548704699129-0.09806509912830.368505506701-0.01123943136990.37095160898520.98678027831.197623698973.2013870376
113.50242692861-0.352633258096-0.09560943215212.4613908530.5226920283273.544702099620.1197742165910.2520218056640.225320032663-0.1284919098510.0731087112611-0.493383995673-0.7827616014890.64028374353-0.2045215260250.411205664072-0.1225839736950.03923933165230.397763265035-0.01591714316970.32536336919926.176819880729.114249705877.8435374619
121.6749290117-0.852645583653-0.4342615961248.6333002114-4.776086162946.985241798350.148825777174-0.305198395019-1.08761901452-0.278810170349-0.004648074087990.205334632810.724064311549-0.844670159653-0.1325697503470.43122625376-0.2773266688610.05328814689130.64517136431-0.02886789576610.6000786656020.89939760555514.1360238197102.445888438
138.269246274620.6274917504650.9585588137366.219468183260.9865422600784.879355870530.0927799526829-0.0157740210490.0716856816222-0.767010680636-0.08178839480130.791276481867-0.540696730696-0.688277198964-0.02685493625990.449784549436-0.0729796912678-0.04677489224960.635448612048-0.0612304732770.531218539272-1.1575206824326.4605888812100.874423213
147.51479900044-1.46845075673.853315235783.5915039493-0.2307323955422.077525419610.133612081720.07827089577-0.09817713493480.251418586153-0.3049730542970.646606025751-0.135054687196-1.113481658290.01448258135730.328815597712-0.1068896929710.03022577426241.10525199484-0.06628380323730.61657876521-8.016349489422.4078316353105.349220683
155.97255669937-0.8951538538321.048815885077.20425137397-1.270508272727.89568478081-0.3573072871540.45527057141-0.3363587742730.3035417745050.1626151233950.872319519211-0.55288563827-1.034687359040.0124947337460.411789025866-0.0440430301793-0.01523058702310.7436115117260.005948033820340.4211772239982.3349703396120.39264073190.2633778038
162.17213302346-0.469621533363-1.183811588011.90763445755-0.007576879468933.66751436362-0.2778134812310.50053754397-0.456549633142-0.0482917117018-0.08859430439030.277210196690.725020186852-0.4442481229270.2991906037320.382341857495-0.1842462318250.04741505397340.484902800056-0.06261621640940.4828430915948.3964903294714.741384090388.094113529
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 18 )AA2 - 181 - 17
22chain 'A' and (resid 19 through 37 )AA19 - 3718 - 36
33chain 'A' and (resid 38 through 57)AA38 - 5737 - 56
44chain 'B' and (resid 3 through 17 )BB3 - 171 - 15
55chain 'B' and (resid 18 through 29 )BB18 - 2916 - 27
66chain 'B' and (resid 30 through 47 )BB30 - 4728 - 45
77chain 'B' and (resid 48 through 58 )BB48 - 5846 - 56
88chain 'C' and (resid 1 through 18 )CC1 - 181 - 18
99chain 'C' and (resid 19 through 57 )CC19 - 5719 - 57
1010chain 'D' and (resid 5 through 24 )DD5 - 241 - 20
1111chain 'D' and (resid 25 through 57 )DD25 - 5721 - 53
1212chain 'E' and (resid 4 through 18 )EE4 - 181 - 15
1313chain 'E' and (resid 19 through 37 )EE19 - 3716 - 34
1414chain 'E' and (resid 38 through 57 )EE38 - 5735 - 54
1515chain 'F' and (resid 3 through 24 )FF3 - 241 - 22
1616chain 'F' and (resid 25 through 56 )FF25 - 5623 - 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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