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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8da0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Mamba alpha-neurotoxin in complex with Centi-3FTX-D09 antibody | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / ANTITOXIN/TOXIN / antivenom / 3-finger toxin / alpha-neurotoxin / long neurotoxin 1 / antibody / ANTITOXIN / ANTITOXIN-TOXIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Pletnev, S. / Verardi, R. / Tully, E.S. / Glanville, J. / Kwong, P.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Venom protection by antibody from a snakebite hyperimmune subject 著者: Glanville, J. / Andrade, J. / Bellin, M. / Kim, S. / Pletnev, S. / Tsao, D. / Verardi, R. / Bedi, R. / Friede, T. / Tully, E. / Zhang, B. / Bylund, T. / Liu, T. / Kwong, P.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8da0.cif.gz | 216 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8da0.ent.gz | 167.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8da0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8da0_validation.pdf.gz | 489.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8da0_full_validation.pdf.gz | 500.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8da0_validation.xml.gz | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8da0_validation.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/8da0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/8da0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8d9yC 8d9zC 8da1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 EF
#3: タンパク質 | 分子量: 8015.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0HJD7 |
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-抗体 , 2種, 4分子 ACBD
#1: 抗体 | 分子量: 23339.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 25132.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 4種, 572分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 10% PEG4000, 50mM Proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 50268 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.168 / Rrim(I) all: 0.296 / Χ2: 1.397 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 138319 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Model found by BALBES software using input sequence 解像度: 2.2→29.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 8.079 / SU ML: 0.193 / SU R Cruickshank DPI: 0.3064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.95 Å2 / Biso mean: 23.638 Å2 / Biso min: 1.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→29.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.205→2.262 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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