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- PDB-8da0: Crystal structure of Mamba alpha-neurotoxin in complex with Centi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8da0
タイトルCrystal structure of Mamba alpha-neurotoxin in complex with Centi-LNX-D09 antibody
要素
  • (Centi-LNX-D09 Fab ...) x 2
  • Alpha-elapitoxin-Dpp2d
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTITOXIN/TOXIN / antivenom / 3-finger toxin / alpha-neurotoxin / long neurotoxin 1 / antibody / ANTITOXIN / ANTITOXIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / Snake toxin-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Alpha-elapitoxin-Dpp2d
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pletnev, S. / Verardi, R. / Tully, E.S. / Glanville, J. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Venom protection by antibody from a snakebite hyperimmune subject
著者: Glanville, J. / Andrade, J. / Bellin, M. / Kim, S. / Pletnev, S. / Tsao, D. / Verardi, R. / Bedi, R. / Friede, T. / Tully, E. / Zhang, B. / Bylund, T. / Liu, T. / Kwong, P.D.
履歴
登録2022年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_database_related / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_min / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code
解説: Sequence discrepancy / 詳細: The Fab chains were renumbered to Kabat system / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02024年10月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Sequence discrepancy / 詳細: The Fab chains were renumbered to Kabat system / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centi-LNX-D09 Fab light chain
B: Centi-LNX-D09 Fab heavy chain
C: Centi-LNX-D09 Fab light chain
D: Centi-LNX-D09 Fab heavy chain
E: Alpha-elapitoxin-Dpp2d
F: Alpha-elapitoxin-Dpp2d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,86935
ポリマ－112,9766
非ポリマー1,89329
水9,800544
1
A: Centi-LNX-D09 Fab light chain
B: Centi-LNX-D09 Fab heavy chain
E: Alpha-elapitoxin-Dpp2d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,46418
ポリマ－56,4883
非ポリマー97615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Centi-LNX-D09 Fab light chain
D: Centi-LNX-D09 Fab heavy chain
F: Alpha-elapitoxin-Dpp2d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,40517
ポリマ－56,4883
非ポリマー91714
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.703, 145.537, 64.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Alpha-elapitoxin-Dpp2d / Alpha-EPTX-Dpp2d


分子量: 8015.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0HJD7

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Centi-LNX-D09 Fab light chain


分子量: 23339.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Centi-LNX-D09 Fab heavy chain


分子量: 25132.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 573分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 10% PEG4000, 50mM Proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 50268 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.168 / Rrim(I) all: 0.296 / Χ2: 1.397 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 138319
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.281.70.6342720.5430.5520.8410.99780.8
2.28-2.3720.65848210.5180.5420.8570.96491
2.37-2.482.20.6150740.5670.4810.780.96995.7
2.48-2.612.50.56750280.6010.4270.7141.02295.2
2.61-2.773.10.51352550.7240.3460.6211.10499.6
2.77-2.993.30.41953060.8060.2720.5011.28699.5
2.99-3.293.30.29952120.8890.1960.3591.49198.9
3.29-3.7630.18650760.9460.1280.2271.60995.2
3.76-4.733.20.12750540.9690.0870.1541.82295.5
4.73-303.10.12151700.9640.0830.1471.88795.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model found by BALBES software using input sequence

解像度: 2.2→29.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 8.079 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24848 989 2 %RANDOM
Rwork0.19641 ---
obs0.19746 49249 94.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å2-0 Å2-0.16 Å2
2---1.59 Å2-0 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7397 0 66 544 8007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0186931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.64210394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2511.57916066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1295979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7623.433335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.168151218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.91527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7642.4073931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7562.4033921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8773.5974899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8763.5984900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1322.5613723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1322.5613724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4623.7455496
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.66828.2358189
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.5527.978059
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.205→2.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 71 -
Rwork0.277 2820 -
obs--74.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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