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万見
- PDB-8d9p: De Novo Photosynthetic Reaction Center Protein Equipped with Heme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d9p
タイトルDe Novo Photosynthetic Reaction Center Protein Equipped with Heme B and Mn(II) cations
要素Reaction center maquette
キーワードDE NOVO PROTEIN / maquette / protein design / charge separation / artificial photosynthesis
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / :
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ennist, N.M. / Stayrook, S.E. / Dutton, P.L. / Moser, C.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DESC0001035 米国
引用
ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Rational design of photosynthetic reaction center protein maquettes.
著者: Ennist, N.M. / Stayrook, S.E. / Dutton, P.L. / Moser, C.C.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: De Novo Protein Design of Photochemical Reaction Centers
著者: Ennist, N.M. / Zhao, Z. / Stayrook, S.E. / Discher, B.M. / Dutton, P.L. / Moser, C.C.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reaction center maquette
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2925
ポリマ－22,5301
非ポリマー7624
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.968, 44.968, 238.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Reaction center maquette


分子量: 22530.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 % / 解説: octahedral
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 1.2 M Li2SO4, 0.5 M (NH4)2SO4, 150 mM Na citrate, pH 5.9 Cryoprotectant: 28% glycerol, 1.25 M Li2SO4, 0.5 M (NH4)2SO4, 100 mM Na citrate, pH 5.85

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日 / 詳細: Osmic VariMax mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→23.25 Å / Num. obs: 20059 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 28.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 22.22
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 1271 / CC1/2: 0.619 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEVERSION January 10, 2014 BUILT=20140307データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VJS

5vjs


解像度: 1.9→23.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.475 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24336 1014 5.1 %RANDOM
Rwork0.2189 ---
obs0.22014 19019 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1581 0 46 82 1709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0181656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9431.9622212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9762.8443770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5545194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29826.18697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93115348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.474157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021913
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.3793.052779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.3343.04777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.6714.544972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.6774.545972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it18.4594.263877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other18.3774.254875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other20.3465.8011240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined19.62837.6051916
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other19.7237.4731903
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 63 -
Rwork0.37 1190 -
obs--85.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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