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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d9o | ||||||
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タイトル | De Novo Photosynthetic Reaction Center Protein in Apo-State | ||||||
![]() | Reaction Center Maquette | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / maquette / protein design / charge separation / artificial photosynthesis | ||||||
機能・相同性 | : ![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ennist, N.M. / Stayrook, S.E. / Dutton, P.L. / Moser, C.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rational design of photosynthetic reaction center protein maquettes. 著者: Ennist, N.M. / Stayrook, S.E. / Dutton, P.L. / Moser, C.C. #1: ![]() タイトル: De Novo Protein Design of Photochemical Reaction Centers 著者: Ennist, N.M. / Zhao, Z. / Stayrook, S.E. / Discher, B.M. / Dutton, P.L. / Moser, C.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d9pC ![]() 5vjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22530.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.76 % / 解説: Parallelepiped |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 24% w/v PEG1500, 100 mM CdCl2, 100 mM Na acetate, pH 4.8. Cryoprotectant: 2-methyl-2.4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日 / 詳細: Osmic VariMax mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→18.46 Å / Num. obs: 14128 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.12 |
反射 シェル | 解像度: 1.783→1.829 Å / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 737 / CC1/2: 0.95 / % possible all: 68.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VJS 解像度: 1.78→18.46 Å / SU ML: 0.167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.2235 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→18.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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