PDB-8d95: Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d95

タイトル

Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors

要素

Complement factor D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.166 Å

データ登録者

Raman, K. / Babu, Y.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Scaffold hopping via ring opening enables identification of acyclic compounds as new complement Factor D inhibitors.
著者: Zhang, W. / Wu, M. / Vadlakonda, S. / Juarez, L. / Cheng, X. / Muppa, S. / Chintareddy, V. / Vogeti, L. / Kellogg-Yelder, D. / Williams, J. / Polach, K. / Chen, X. / Raman, K. / Babu, Y.S. / Kotian, P.

履歴

登録	2022年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d95.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d95.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d95_validation.pdf.gz	753.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d95_full_validation.pdf.gz	755.4 KB	表示
XML形式データ	8d95_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	8d95_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/8d95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/8d95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8deaC 8dg6C 1dicS 1bio 1dfp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement factor D

ヘテロ分子

25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.302, 44.800, 62.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.392, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-447- HOH

#1: タンパク質	Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D 分子量: 24596.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293-E 253 / 遺伝子: CFD, DF, PFD / Cell (発現宿主): Human embryonic / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-QIE / N-(6-bromopyridin-2-yl)-1-[(3-cyanophenyl)acetyl]-L-prolinamide 分子量: 413.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₇BrN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: needles
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: PEG 6k / PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 30307 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.965 / CC star: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.071 / Χ²: 0.858 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Mean I/σ(I) obs: 20 / Num. unique obs: 815 / CC_1/2: 0.965 / CC star: 0.991 / R_pim(I) all: 0.114 / R_sym value: 0.116 / Χ²: 0.657 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DIC

1dic

解像度: 2.166→35.189 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.265 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 6.926 / SU ML: 0.179 / Average fsc free: 0.9507 / Average fsc work: 0.9735 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2629	510	5.527 %
R_work	0.2018	8717	-
all	0.205	-	-
obs	-	9227	89.141 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.734 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.081 Å²	-0 Å²	0.019 Å²
2-	-	-0.057 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.166→35.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1687	0	0	56	1743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.656	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.701	1.573	3683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.995	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.299	10	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.689	10	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.258	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.169	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.267	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.348	3.07	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.342	3.069	880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.816	4.566	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.814	4.574	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.811	3.432	844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.809	3.432	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.186	4.996	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.184	4.996	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.582	53.567	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.577	53.604	1790

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.166-2.222	0.463	4	0.199	163	0.204	779	0.83	0.975	21.4377	0.183
2.222-2.283	0.387	27	0.202	419	0.213	714	0.909	0.975	62.465	0.185
2.283-2.349	0.248	36	0.198	592	0.201	726	0.958	0.975	86.5014	0.18
2.349-2.42	0.315	45	0.217	592	0.224	680	0.95	0.969	93.6765	0.2
2.42-2.499	0.267	51	0.227	610	0.23	691	0.955	0.968	95.6585	0.204
2.499-2.587	0.383	23	0.213	624	0.219	666	0.878	0.974	97.1471	0.2
2.587-2.684	0.276	44	0.232	545	0.236	601	0.954	0.969	98.0033	0.21
2.684-2.793	0.296	41	0.214	576	0.22	626	0.956	0.973	98.5623	0.199
2.793-2.916	0.226	30	0.209	545	0.21	581	0.972	0.972	98.9673	0.205
2.916-3.057	0.297	26	0.219	523	0.222	557	0.948	0.969	98.5637	0.214
3.057-3.221	0.304	18	0.205	510	0.209	530	0.943	0.974	99.6226	0.199
3.221-3.415	0.288	21	0.208	492	0.211	514	0.954	0.973	99.8055	0.203
3.415-3.648	0.296	26	0.198	454	0.203	480	0.944	0.976	100	0.199
3.648-3.937	0.216	28	0.186	398	0.188	427	0.978	0.98	99.7658	0.186
3.937-4.307	0.236	34	0.166	380	0.172	417	0.972	0.983	99.2806	0.18
4.307-4.807	0.172	18	0.166	354	0.167	375	0.978	0.984	99.2	0.188
4.807-5.533	0.169	18	0.176	321	0.175	340	0.983	0.984	99.7059	0.199
5.533-6.735	0.374	9	0.226	262	0.229	272	0.98	0.972	99.6324	0.244
6.735-9.356	0.252	8	0.214	220	0.215	229	0.93	0.973	99.5633	0.237
9.356-35.189	0.64	3	0.268	136	0.273	142	0.78	0.941	97.8873	0.317

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