PDB-8d84: E. faecium MurAA in complex with UDP-N-acetylmuramic acid (UNAM) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d84

タイトル

E. faecium MurAA in complex with UDP-N-acetylmuramic acid (UNAM) and a covalent adduct of PEP with Cys119

要素

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / MurAA

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Zhou, Y. / Shamoo, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. faecium MurAA in complex with fosfomycin and UNAG
著者: Zhou, Y. / Shamoo, Y.

履歴

登録	2022年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d84.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d84.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d84_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d84_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	8d84_validation.xml.gz	166.2 KB	表示
CIF形式データ	8d84_validation.cif.gz	219.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/8d84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r38S 7tb0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

576 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
192 kDa, 4 ポリマー
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2

C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
192 kDa, 4 ポリマー
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3

I: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

K: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

J: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

L: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
192 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.865, 168.376, 316.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-602- HOH

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT 分子量: 47283.887 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: murA, EGW70_02335 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A3N3SEJ7, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EPZ / (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid / UDP-N-アセチルムラミン酸分子量: 679.416 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₀H₃₁N₃O₁₉P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→49.81 Å / Num. obs: 225455 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 15.1 % / B_iso Wilson estimate: 63.05 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2363 / Net I/σ(I): 11.32
反射シェル	解像度: 2.65→2.749 Å / R_merge(I) obs: 3.063 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 22047 / CC_1/2: 0.368

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3r38

3r38

解像度: 2.65→49.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 33.332 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26067	11318	5 %	RANDOM
R_work	0.24094	-	-	-
obs	0.24195	214123	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→49.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38209	0	528	49	38786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	39434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	36729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.637	53600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.28	1.547	85385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.163	5	5052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.15	9.538	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.85	10	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	44896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.854	3.526	20172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.854	3.526	20172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.352	5.291	25200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.352	5.291	25201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.054	4.275	19262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.054	4.276	19263
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.982	6.312	28389
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.428	48.203	39797
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.428	48.205	39798
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.654→2.723 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	811	-
R_work	0.343	15379	-
obs	-	-	97.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.848	-0.1837	0.347	0.8167	-0.2704	0.9358	-0.0328	0.0211	-0.0423	-0.0156	0.0594	-0.2089	0.0015	0.0492	-0.0266	0.0858	0.0115	-0.0611	0.3633	-0.0637	0.4153	-65.164	-57.5183	31.004
2	1.0055	0.1652	0.0826	1.3171	0.1427	0.9091	0.0191	0.0186	0.0426	0.1894	-0.0129	0.2319	-0.0359	-0.1759	-0.0062	0.0939	0.0437	0.0063	0.4075	0.0175	0.3705	-99.6427	-56.6712	42.8796
3	0.8924	-0.0866	0.0878	1.2709	0.4709	1.1545	-0.108	-0.0202	0.0413	-0.1597	0.0376	0.2453	-0.2803	-0.1193	0.0704	0.193	0.0564	-0.0854	0.2853	0.0189	0.3121	-79.8105	-12.7411	31.5279
4	0.7459	0.2693	-0.235	0.844	0.2308	1.2155	-0.0704	0.0623	-0.2682	0.107	0.0382	0.0086	0.1475	-0.0659	0.0322	0.1499	0.01	-0.0308	0.2866	0.0135	0.3731	-97.139	-93.0095	50.1944
5	0.4977	-0.0724	-0.0749	0.784	-0.2959	1.4857	-0.0673	0.0263	-0.2095	0.0249	0.0228	-0.1685	0.2118	0.154	0.0445	0.1021	0.0362	-0.0427	0.3448	-0.0737	0.5027	-67.3216	-94.6096	29.3005
6	0.7436	0.1613	0.2806	0.9633	0.2389	2.1231	-0.2306	0.0134	0.2282	0.0951	0.0927	0.0767	-0.891	-0.3697	0.1379	0.6356	0.1991	-0.1164	0.1668	0.0379	0.183	-98.3338	-62.4717	104.2916
7	0.9772	0.0087	-0.0154	1.2147	-0.3418	1.7233	-0.2304	-0.0696	0.2808	0.3715	0.0305	-0.2589	-0.9499	0.2388	0.2	0.787	-0.1623	-0.2596	0.0952	-0.0372	0.2243	-69.491	-59.9206	126.5928
8	0.9006	0.0426	0.242	1.1405	-0.0345	1.5011	-0.0372	0.1534	-0.0443	0.0519	0.1254	-0.1278	-0.1908	0.3215	-0.0882	0.1557	-0.0421	-0.0575	0.3553	-0.0886	0.268	-45.9127	-14.3303	45.038
9	1.6354	-0.5769	0.7335	1.0605	-0.7094	1.4507	0.1144	0.0849	-0.007	-0.072	-0.1662	-0.1248	0.1987	0.1882	0.0518	0.0995	0.0738	-0.0634	0.3655	0.0552	0.3524	-131.7388	-91.4451	73.3715
10	1.7659	-0.2154	0.858	1.29	0.1476	1.2351	0.0058	-0.2287	0.1465	0.0261	-0.0724	0.2062	-0.0385	-0.2413	0.0666	0.0644	0.0538	-0.0921	0.4097	-0.044	0.4668	-28.9166	-65.638	66.3504
11	1.2466	-0.2417	0.3949	1.2048	-0.0389	1.2459	0.0077	0.1368	0.4404	0.0133	-0.0621	-0.2449	-0.0351	0.1032	0.0544	0.0533	0.0243	-0.0948	0.3479	0.063	0.6129	-140.6538	-55.9618	68.375
12	1.6076	0.6181	0.1858	1.6746	-0.1112	1.2244	0.1086	0.4388	-0.4937	-0.0035	0.0572	-0.4859	0.0389	0.2163	-0.1658	0.0615	0.018	-0.0967	0.4696	-0.1921	0.5918	-127.0775	-14.2912	77.0138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 420
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 420
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 420
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 420
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 420
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 420
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 420
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 420
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 420
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 420
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 420
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)