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- PDB-8d7r: Cryo-EM structure of human CLCF1 signaling complex: model contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d7r
タイトルCryo-EM structure of human CLCF1 signaling complex: model containing the interaction core region
要素
  • Cardiotrophin-like cytokine factor 1
  • Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
  • Leukemia inhibitory factor receptor
キーワードCYTOKINE / cytokine signaling / CLCF1 / CNTFR alpha / gp130 / LIFR
機能・相同性
機能・相同性情報


CRLF-CLCF1 complex / CNTFR-CLCF1 complex / leukemia inhibitory factor receptor activity / skeletal muscle organ development / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / type I oncostatin-M receptor complex / interleukin-27 receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding ...CRLF-CLCF1 complex / CNTFR-CLCF1 complex / leukemia inhibitory factor receptor activity / skeletal muscle organ development / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / type I oncostatin-M receptor complex / interleukin-27 receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / leukemia inhibitory factor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-6 receptor activity / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-11-mediated signaling pathway / brainstem development / sex differentiation / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of adaptive immune response / intestinal epithelial cell development / negative regulation of motor neuron apoptotic process / suckling behavior / positive regulation of platelet aggregation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / motor neuron apoptotic process / extrinsic component of membrane / Interleukin-6 signaling / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of immunoglobulin production / growth factor binding / positive regulation of Notch signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / MAPK1 (ERK2) activation / cytokine binding / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / coreceptor activity / positive regulation of B cell proliferation / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / nervous system development / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / signaling receptor complex / apical plasma membrane / membrane raft / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plethodontid receptivity factor PRF/cardiotrophin-like / Plethodontid receptivity factor PRF / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor receptor D4 domain / : ...Plethodontid receptivity factor PRF/cardiotrophin-like / Plethodontid receptivity factor PRF / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor receptor D4 domain / : / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha / Interleukin-6 receptor subunit beta / Leukemia inhibitory factor receptor / Cardiotrophin-like cytokine factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhou, Y. / Franklin, M.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly of gp130 family cytokine signaling complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / Kei Saotome / Jiaxi Wu / Arielle Glatman Zaretsky / Sokol Haxhinasto / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. ...The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. We determined cryo-electron microscopy structures of five signaling complexes of this family, containing full receptor ectodomains bound to their respective ligands ciliary neurotrophic factor, cardiotrophin-like cytokine factor 1 (CLCF1), leukemia inhibitory factor, IL-27, and IL-6. Our structures collectively reveal similarities and differences in the assembly of these complexes. The acute bends at both signaling receptors in all complexes bring the membrane-proximal domains to a ~30 angstrom range but with distinct distances and orientations. We also reveal how CLCF1 engages its secretion chaperone cytokine receptor-like factor 1. Our data provide valuable insights for therapeutically targeting gp130-mediated signaling.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cardiotrophin-like cytokine factor 1
C: Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
B: Leukemia inhibitory factor receptor
A: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,76315
ポリマ－223,3144
非ポリマー3,44911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 DCBA

#1: タンパク質 Cardiotrophin-like cytokine factor 1 / B-cell-stimulating factor 3 / BSF-3 / Novel neurotrophin-1 / NNT-1


分子量: 23122.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLCF1, BSF3, CLC, NNT1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9UBD9
#2: タンパク質 Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha / CNTF receptor subunit alpha / CNTFR-alpha


分子量: 36123.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNTFR / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P26992
#3: タンパク質 Leukemia inhibitory factor receptor / LIF receptor / LIF-R


分子量: 92834.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIFR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P42702
#4: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta / IL-6 receptor subunit beta / IL-6R subunit beta / IL-6R-beta / IL-6RB / CDw130 / Interleukin-6 ...IL-6 receptor subunit beta / IL-6R subunit beta / IL-6R-beta / IL-6RB / CDw130 / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / Oncostatin-M receptor subunit alpha


分子量: 71233.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6ST
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P40189

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糖 , 2種, 11分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human CLCF1 in complex with CNTFR alpha, gp130, and LIFR
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92463 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50.76 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029900
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47313510
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.1361353
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041547
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041686

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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