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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d78 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a Ba stabilized four-tetrad, parallel Tetrahymena thermophila telomeric G-quadruplex in complex with N-methyl mesoporphyrin IX | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / G-quadruplex / Parallel / Four-quartets | 機能・相同性 | : / N-METHYLMESOPORPHYRIN / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Chen, E.V. / Beseiso, D. / Yatsunyk, L.A. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Biophysical and structural characterization of telomeric G-quadruplexes from Tetrahymena thermophila in complex with N-Methyl Mesoporphyrin IX 著者: Beseiso, D. / Chen, E.V. / Yatsunyk, L.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 895.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 896.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d79C ![]() 6w9pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7047.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MMP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Well condition contained 0.6-1 M sodium formate, 12-16% PEG 20K, 0.05 M Bis Tris pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→103.19 Å / Num. obs: 4315 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 50.54 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.071 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 368 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.552 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6W9P 解像度: 2.12→34.4 Å / SU ML: 0.3294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 46.8543 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→34.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.15747664525 Å / Origin y: -1.41894852123 Å / Origin z: -7.9814105706 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |