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- PDB-8d5f: The complex of Gtf2b neoantigen TGAARFDEF Presented by H2-Dd -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5f
タイトルThe complex of Gtf2b neoantigen TGAARFDEF Presented by H2-Dd
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Transcription initiation factor IIB
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / Endosomal/Vacuolar pathway ...RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / germinal vesicle / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / protein acetylation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cell division site / acetyltransferase activity / viral transcription / RNA polymerase II complex binding / histone acetyltransferase activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / chromosome organization / cellular defense response / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / spindle assembly / condensed chromosome / Neutrophil degranulation / TBP-class protein binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / protein-DNA complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / kinetochore / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / chromosome / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / gene expression / transcription by RNA polymerase II / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / nuclear body / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Custodio, J.M.F. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118166 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural and physical features that distinguish tumor-controlling from inactive cancer neoepitopes.
著者: Custodio, J.M. / Ayres, C.M. / Rosales, T.J. / Brambley, C.A. / Arbuiso, A.G. / Landau, L.M. / Keller, G.L.J. / Srivastava, P.K. / Baker, B.M.
履歴
登録2022年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Transcription initiation factor IIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7744
ポリマ－44,6823
非ポリマー921
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.300, 68.860, 109.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 31876.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pMBIO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / RNA polymerase II alpha initiation factor


分子量: 1014.069 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 88-96 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62915, histone acetyltransferase
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 309.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG3350, 200 nM sodium tartrate dibasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→47.233 Å / Num. obs: 17756 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Num. unique obs: 17756 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: {DB entry 5KD7

5kd7


解像度: 2.31→47.233 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.983 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1991 891 5.018 %RANDOM
Rwork0.193 16864 --
all0.193 ---
obs-17755 98.875 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.492 Å2-0 Å20 Å2
2--0.358 Å20 Å2
3---0.134 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→47.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 6 129 3269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9791.6574387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.0911031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25410525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg18.55210173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1820.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1290.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7182.9351521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9374.3961896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5083.2171711
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.144.6882491
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.20257.74812913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.370.312640.271231X-RAY DIFFRACTION98.7796
2.37-2.4350.257600.2361176X-RAY DIFFRACTION99.4368
2.435-2.5050.238620.2291167X-RAY DIFFRACTION98.9533
2.505-2.5820.239540.2091083X-RAY DIFFRACTION94.9082
2.582-2.6670.218560.2061102X-RAY DIFFRACTION99.4845
2.667-2.760.221720.2111063X-RAY DIFFRACTION99.7364
2.76-2.8640.219540.2111030X-RAY DIFFRACTION100
2.864-2.980.181540.212998X-RAY DIFFRACTION99.6212
2.98-3.1120.217460.215965X-RAY DIFFRACTION99.9012
3.112-3.2630.248580.189908X-RAY DIFFRACTION99.6904
3.263-3.4390.199520.199864X-RAY DIFFRACTION99.7821
3.439-3.6460.218370.203836X-RAY DIFFRACTION99.6575
3.646-3.8960.192390.18746X-RAY DIFFRACTION94.012
3.896-4.2060.168350.168741X-RAY DIFFRACTION100
4.206-4.6040.138270.129695X-RAY DIFFRACTION100
4.604-5.1410.125300.139621X-RAY DIFFRACTION99.8466
5.141-5.9250.162250.161566X-RAY DIFFRACTION100
5.925-7.2280.15300.192462X-RAY DIFFRACTION96.4706
7.228-10.1040.192220.156371X-RAY DIFFRACTION97.5186
10.104-47.2330.24140.237239X-RAY DIFFRACTION99.2157
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36190.13610.1080.3650.12170.4365-0.05240.04680.01-0.00020.03440.00730.02140.04870.0180.017-0.00080.0120.01040.00780.0267-3.61058.9151-25.7664
21.33051.04880.46540.94650.71561.3075-0.0417-0.030.0878-0.0016-0.02850.11410.0320.00160.07030.01430.00120.02750.0061-0.00550.0778-21.5892.6186-23.4022
31.1683-0.07080.00257.81411.30660.21870.0056-0.0819-0.0330.03490.0803-0.46940.00540.0122-0.08590.034-0.0025-0.00350.03150.02030.05059.681911.1841-9.9825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA180 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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