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- PDB-8d5d: Structure of Y430F D-ornithine/D-lysine decarboxylase complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d5d
タイトルStructure of Y430F D-ornithine/D-lysine decarboxylase complex with D-arginine
要素D-ornithine/D-lysine decarboxylase
キーワードLYASE / pyridoxal-5'-phosphate / D-amino acid / decarboxylase / Fold III
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ornithine/D-lysine decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5DK / D-ornithine/D-lysine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Phillips, R.S. / Nguyen Hoang, K.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM137008 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: The Y430F mutant of Salmonella d-ornithine/d-lysine decarboxylase has altered stereospecificity and a putrescine allosteric activation site.
著者: Phillips, R.S. / Nguyen Hoang, K.N.
履歴
登録2022年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
B: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,67815
ポリマ－108,0942
非ポリマー1,58413
水14,844824
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The dimer is the functional unit since the active site is formed at the interface.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10880 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.770, 49.540, 139.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-ornithine/D-lysine decarboxylase / D-Orn/D-Lys decarboxylase / DOKDC


分子量: 54046.984 Da / 分子数: 2 / 変異: Y430F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: dokD, STM2360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZNC4, D-ornithine/D-lysine decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 837分子

#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-5DK / (E)-N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-D-arginine / PLP-DArg


分子量: 403.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M NaOAc, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→48.86 Å / Num. obs: 125192 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 24.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.03
反射 シェル解像度: 1.54→1.595 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 9896 / CC1/2: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N2H.pdb

6n2h


解像度: 1.54→48.86 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 1993 1.6 %
Rwork0.161 122775 -
obs0.1615 124768 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.81 Å2 / Biso mean: 40.2441 Å2 / Biso min: 17.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→48.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7244 0 205 824 8273
Biso mean--50.38 43.37 -
残基数----908
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.54-1.580.4618930.4316325641871
1.58-1.620.39491340.37088194832891
1.62-1.670.33341530.31758749890297
1.67-1.720.30891330.27678761889497
1.72-1.780.2631430.2378889903298
1.78-1.860.24981500.20078868901899
1.86-1.940.2111470.187890529199100
1.94-2.040.21971440.164190469190100
2.04-2.170.18221500.152590559205100
2.17-2.340.21291430.142991119254100
2.34-2.570.1721520.139890709222100
2.57-2.950.19581410.150691179258100
2.95-3.710.15831540.140491669320100
3.71-48.860.16441560.138393729528100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.043-0.5688-0.72940.84930.28891.535-0.0807-0.32440.04990.1160.1114-0.14850.08650.32820.02110.19320.0215-0.04470.26630.00540.217141.826-6.15727.811
21.4492-0.5107-0.64250.67060.25671.0784-0.1576-0.54-0.0540.24240.13230.06120.12460.22180.02470.30230.0669-0.01680.33990.01880.196423.498-5.39643.73
30.42920.4885-0.18151.0407-0.64351.2795-0.1132-0.0078-0.07720.14570.04840.1918-0.06970.07140.08270.32150.00040.03660.3991-0.0080.314832.361-6.57130.229
41.5414-0.2234-0.89430.66410.55122.252-0.06470.0157-0.10010.1481-0.03550.15550.1185-0.15150.09230.19770.02750.01710.1512-0.01520.2380.308-3.1733.681
51.5922-0.0706-0.69180.65180.29621.2768-0.10650.1043-0.23250.0777-0.02080.07410.1387-0.0440.11570.20470.02160.00080.133-0.01410.217210.517-10.09223.581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:296 )A2 - 296
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 297:467 )A297 - 467
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 478:478 )A478
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 2:226 )B2 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 227:466 )B227 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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