PDB-8d51: Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d51

タイトル

Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed with a peptide ligand containing beta-3-homotryptophan

要素

PTHrP[1-36]
Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / parathyroid hormone 1 receptor / signaling / beta-amino acid

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Harnessing Aromatic-Histidine Interactions through Synergistic Backbone Extension and Side Chain Modification.
著者: Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Chiu, Y.T.T. / Xu, R. / Bruchs, A.T. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.

履歴

登録	2022年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d51.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d51.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8d51_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d51_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	8d51_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	8d51_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/8d51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d52C 3h3gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

B: PTHrP[1-36]

ヘテロ分子

14.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.472, 58.472, 206.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-101- ZN
2	1	A-305- HOH
3	1	B-204- HOH

#1: タンパク質	Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor 分子量: 11995.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03431
#2: タンパク質・ペプチド	PTHrP[1-36] 分子量: 2822.272 Da / 分子数: 1 / Mutation: I31 substituted with beta-3-tryptophan / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12272
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 28 % v/v PEG Smear Low, 0.1 M tris-HCl pH 8, 0.15 M Sodium citrate, 1% ethylene glycol, 1 mM ZnSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日 / 詳細: KB
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.997→49.179 Å / Num. obs: 7236 / % possible obs: 75.2 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 53.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.997→2.206 Å / R_merge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 362 / CC_1/2: 0.843 / R_pim(I) all: 0.628 / R_rim(I) all: 0.947

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc7_3834	精密化
autoPROC		data processing
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H3G

3h3g

解像度: 2→36.14 Å / SU ML: 0.2019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.5025
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	514	7.11 %
R_work	0.2218	6718	-
obs	0.2236	7232	75.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	966	0	5	35	1006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4419	1367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0387	139
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4291	345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.2	0.3262	24	0.3467	317	X-RAY DIFFRACTION	14.5
2.2-2.52	0.3646	146	0.317	1847	X-RAY DIFFRACTION	84.34
2.52-3.17	0.2957	161	0.283	2228	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.17-36.14	0.2167	183	0.1913	2326	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.48329279854	0.341704756399	1.07922576461	5.28655257827	1.21655884007	2.74237003689	-0.349340469919	1.38119685784	1.6652266908	-2.44212507092	-0.100492783238	-0.892356963815	-1.65564485954	0.998780878916	-0.0127447853937	1.33275143408	-0.170707125234	0.282174391607	0.853018671788	0.275040806112	0.519280544597	10.7595304749	18.6153481584	7.57126808405
2	4.89522347543	1.72561525021	4.04023801273	3.00559272957	2.13806508021	3.71328809144	-0.223031514391	0.685203027739	0.467535860305	-0.265661926685	0.481813188948	-0.818337554537	-0.476654034672	0.968825235057	-0.0722790990703	0.569432254706	-0.179554617431	0.134976810479	0.542718587601	-0.0268772022589	0.549188450835	17.6530314994	19.2849720465	18.7995237911
3	7.72080188441	1.64907893955	2.2173022627	4.69595648011	0.772743014403	3.67163923912	-0.416938138877	-0.128580953534	1.42913490562	-1.01582705778	0.0460432281855	-0.847216875486	-0.800411576948	0.607328320038	0.123108091673	0.576847234391	-0.0939701847444	0.0419394090463	0.315951725979	0.00138618998737	0.723957664088	12.8895945433	22.7009750341	24.7253622596
4	5.56143874365	1.1444083082	1.50529581459	5.62518678995	1.84603814058	7.01068216831	0.163652738011	-0.347145202475	0.304512423745	-0.546624911491	0.0014044368699	-0.346049114881	-0.395153288164	-0.298613461951	0.040626741387	0.433444786955	-0.0791314001901	-0.0247148950757	0.423236773658	0.049195094328	0.445928114904	8.57294141007	15.7065630813	23.8592046762
5	5.16155437966	1.33212404476	2.42948891821	2.14899522459	3.1057070949	4.81304891508	0.407602122929	-0.230100751261	-0.881040349302	-0.523582023695	-0.214367828415	1.12527056842	1.17166130636	-1.0585725588	0.354468196378	0.708048404415	-0.0385445715431	-0.0206812349623	1.03069601693	0.0527023738812	0.803763637111	-2.72767653413	13.2866909379	22.8004475163
6	2.3605739309	2.11416985269	-0.402471609339	5.11402396768	2.01139325078	5.14836447415	-0.0760830811277	0.0545542135338	0.369768821071	-0.985723309982	-0.174138198585	0.612774561849	-0.276188931262	-1.11415406799	0.0970231129415	0.659172553259	-0.0140405351305	-0.127237286014	0.700852878107	0.0913075523482	0.407044877515	-2.15930596855	7.1890302624	11.216465555
7	9.67927897158	-2.60247419272	-0.756094632225	8.40583325497	5.81109358635	4.80573924443	0.464720221642	-0.690726887548	0.229653520822	0.627755362899	-0.439656917994	-1.07208111237	1.25196725578	-0.141548996995	0.0736339386264	0.479319938744	-0.174941561909	-0.164878152998	0.653695684898	0.141486053964	0.758565728124	6.93008765438	7.30729830252	23.6270224988

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 32 through 57 )	A	A	32 - 57	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 58 through 116 )	A	A	58 - 116	27 - 41
3	3	chain 'A' and (resid 117 through 130 )	A	A	117 - 130	42 - 55
4	4	chain 'A' and (resid 131 through 167 )	A	A	131 - 167	56 - 92
5	5	chain 'A' and (resid 168 through 174 )	A	A	168 - 174	93 - 99
6	6	chain 'B' and (resid 16 through 29 )	B	B	16 - 29	1 - 14
7	7	chain 'B' and (resid 30 through 36 )	B	B	30 - 36	15 - 21

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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