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- PDB-8d4v: Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap2 from S. aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d4v
タイトルCrystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap2 from S. aureus
要素
  • Cathepsin G, C-terminal truncated form
  • Extracellular Adherence Protein
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / PROTEIN BINDING / Protease Inhibitor / Immune Evasion / Neutrophil / S. aureus / HYDROLASE-INHIBITOR / PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / caspase binding / negative regulation of T cell activation / neutrophil activation / Suppression of apoptosis / Interleukin-1 processing / positive regulation of platelet aggregation ...cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / caspase binding / negative regulation of T cell activation / neutrophil activation / Suppression of apoptosis / Interleukin-1 processing / positive regulation of platelet aggregation / Antimicrobial peptides / Activation of Matrix Metalloproteinases / monocyte chemotaxis / extracellular matrix disassembly / defense response to fungus / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / secretory granule / protein maturation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of immune response / protein processing / platelet activation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytoplasmic stress granule / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / peptidase activity / heparin binding / cellular response to lipopolysaccharide / : / defense response to Gram-negative bacterium / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / protein phosphorylation / immune response / receptor ligand activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease ...MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathepsin G / Protein map
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gido, C.D. / Herdendorf, T.J. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM140852 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Characterization of two distinct neutrophil serine protease-binding modes within a Staphylococcus aureus innate immune evasion protein family.
著者: Gido, C.D. / Herdendorf, T.J. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin G, C-terminal truncated form
C: Cathepsin G, C-terminal truncated form
B: Extracellular Adherence Protein
D: Extracellular Adherence Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0336
ポリマ－72,8414
非ポリマー1922
水4,035224
1
A: Cathepsin G, C-terminal truncated form
B: Extracellular Adherence Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5173
ポリマ－36,4212
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
2
C: Cathepsin G, C-terminal truncated form
D: Extracellular Adherence Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5173
ポリマ－36,4212
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.561, 80.273, 99.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin G, C-terminal truncated form


分子量: 25397.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Purified from human sputum / 組織: Neutrophil / 参照: UniProt: P08311
#2: タンパク質 Extracellular Adherence Protein / Protein map


分子量: 11023.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: map, SAV1938 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99QS1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BisTris (pH 6.5), 0.2M Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 53684 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 32.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.242 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.253 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 544796
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.926.81.94652970.5170.7592.0941.03199.6
1.92-1.998.11.59552930.7010.5661.6951.05799.5
1.99-2.088.31.12752410.7920.4031.21.04299
2.08-2.1910.20.94953310.8890.2990.9961.05799.8
2.19-2.3311.30.70653440.9470.2120.7381.04899.8
2.33-2.5111.50.51253530.9680.1540.5351.01999.9
2.51-2.7611.20.35853640.9770.110.3740.99899.9
2.76-3.1610.70.19253560.9880.060.2010.99599
3.16-3.9912.10.1354640.9920.0390.1360.961100
3.99-50110.24556410.9680.0760.2570.97699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CGH, 1YN3

1cgh

1yn3


解像度: 1.85→37.24 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 1874 3.74 %
Rwork0.2074 48231 -
obs0.209 50105 93.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.44 Å2 / Biso mean: 44.2925 Å2 / Biso min: 18.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→37.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5078 0 10 224 5312
Biso mean--50.04 46.65 -
残基数----641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.90.41481250.33233083320879
1.9-1.960.34571300.29963294342483
1.96-2.020.29351230.26533406352987
2.02-2.090.35361370.24223494363188
2.09-2.170.28581410.2323649379092
2.17-2.270.28431370.22113684382194
2.27-2.390.24591460.21383780392696
2.39-2.540.2661540.21453832398697
2.54-2.740.29011490.22633878402797
2.74-3.020.25581540.22653918407298
3.02-3.450.24651510.209539934144100
3.45-4.350.20491620.172340594221100
4.35-37.240.23571650.19214161432698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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