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万見
- PDB-8d41: Crystal structure of the human COPB2 WD-domain in complex with OI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d41
タイトルCrystal structure of the human COPB2 WD-domain in complex with OICR-6254
要素Coatomer subunit beta'
キーワードPROTEIN TRANSPORT / WD-repeat / WDR / COPB2 / Coatomer subunit beta / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane ...COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q93 / Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zeng, H. / Saraon, P. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the human COPB2 WD-domain in complex with OICR-6254
著者: Zeng, H. / Saraon, P. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: Coatomer subunit beta'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7026
ポリマ－72,8422
非ポリマー8604
水6,305350
1
A: Coatomer subunit beta'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9354
ポリマ－36,4211
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coatomer subunit beta'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7682
ポリマ－36,4211
非ポリマー3461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.015, 91.149, 58.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta' / Beta'-coat protein / Beta'-COP / p102


分子量: 36421.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPB2 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35606
#2: 化合物 ChemComp-Q93 / (1R,2R,3S,4S)-3-[4-(4-fluorophenyl)piperazine-1-carbonyl]bicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid


分子量: 346.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23FN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 % / Mosaicity: 0.27 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% w/v PEG3350,0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.92 Å / Num. obs: 38534 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.053.90.5341048126560.7790.3050.617390.1
8.93-48.873.80.04218194740.9870.0250.04929.798.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8D30

8d30


解像度: 2→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.45 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1919 5 %RANDOM
Rwork0.1705 ---
obs0.173 36560 95.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.64 Å2 / Biso mean: 18.801 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20.15 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4824 0 31 351 5206
Biso mean--32.18 25.04 -
残基数----606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.6336829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2191.5810383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0455612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21122.627255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9715813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2041527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021075
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 158 -
Rwork0.241 2487 -
obs--89.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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