PDB-8d3o: Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d3o

タイトル

Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) complexed with 8-methoxyquinolin-4-amine

要素

(Apoptosis-inducing factor ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mitochondrial import / oxidative phosphorylation / SAXS

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chromosome condensation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Brosey, C.A. / Tainer, J.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R35 CA220430	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P01 CA092584	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP180813	米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes.
著者: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2022年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8d3o_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d3o_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8d3o_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	8d3o_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8d3eC 8d3gC 8d3hC 8d3iC 8d3jC 8d3kC 8d3nC 4bv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

D: Apoptosis-inducing factor (AIF), unidentified helix

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

D: Apoptosis-inducing factor (AIF), unidentified helix

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.104, 115.045, 122.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

詳細

It is unknown to which chain the unidentified helix belongs. Therefore, it was given the chain ID D, and included with the biological assembly of chain B.

-
Apoptosis-inducing factor ... , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質	Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8 分子量: 59470.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: タンパク質・ペプチド	Apoptosis-inducing factor (AIF), unidentified helix 分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: 酸化還元酵素; その他が電子受容体

#1: タンパク質

Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8

分子量: 59470.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体

#2: タンパク質・ペプチド

Apoptosis-inducing factor (AIF), unidentified helix

分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: 酸化還元酵素; その他が電子受容体

-
非ポリマー , 5種, 157分子

#3: 化合物	ChemComp-QF6 / 8-methoxyquinolin-4-amine 分子量: 174.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.38 M Li2SO4, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→122.17 Å / Num. obs: 61381 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 46.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4438 / CC_1/2: 0.878 / R_pim(I) all: 0.306 / R_rim(I) all: 1.03 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BV6

4bv6

解像度: 2.25→83.75 Å / SU ML: 0.2749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2917
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2369	3003	4.9 %
R_work	0.2128	58306	-
obs	0.214	61309	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→83.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6480	0	176	144	6800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	6822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4622	9299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0484	1050
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	1179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.208	2331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.29	0.3546	137	0.2842	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.29-2.33	0.3564	131	0.2648	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.33-2.37	0.2756	142	0.2463	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.37-2.41	0.2385	118	0.2421	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.41-2.46	0.2813	140	0.242	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.46-2.52	0.2738	138	0.2336	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.52-2.58	0.2406	146	0.2261	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.58-2.64	0.2566	121	0.2243	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.64-2.71	0.3064	160	0.2263	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.71-2.79	0.261	137	0.24	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.79-2.88	0.2935	139	0.2445	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.88-2.98	0.2802	161	0.2444	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.98-3.1	0.2827	164	0.242	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.1-3.24	0.2648	150	0.2373	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.25-3.42	0.2497	156	0.2152	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.42-3.63	0.2312	138	0.2156	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.63-3.91	0.2372	148	0.1958	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.91-4.3	0.2047	150	0.1772	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.93	0.1851	121	0.1628	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.93-6.21	0.2164	140	0.2097	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.9
6.21-83.75	0.2091	166	0.2261	2985	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.83881765566	0.954916236342	-0.431030459657	2.53805879321	1.03513587662	1.55158359333	0.0415586675456	-0.101999770775	-0.0917185308938	0.32459529522	0.215583640202	-1.22624353714	0.0847231843416	0.171415062134	-0.248315709195	0.376388199866	0.0154959762969	-0.067578554691	0.458268438858	-0.0893766000693	0.939608245844	53.1549119555	3.55949876944	23.7372341031
2	0.965377452245	0.685432664569	0.000591463655401	2.50701107494	0.957976205834	0.60591002374	-0.0526390820116	0.153132613308	0.38168068312	-0.272948445672	0.0840258352731	-0.253782598672	-0.269663536289	0.0665005548596	-0.0417120188545	0.514222403457	-0.0196493648422	-0.0568471258531	0.494430666656	0.0459544265322	0.695297357956	40.896552478	20.3358356941	21.524765887
3	0.948169218759	1.05723803198	0.786014883771	2.44334368778	2.22032971989	2.86610759762	0.255870895776	-0.113732928295	-0.00257881521156	0.220797106611	-0.116654950124	0.00255868868209	0.100262741005	-0.083947824499	-0.121584991971	0.457718708288	-0.0556978379672	-0.0306249884493	0.433290572247	0.0433897589042	0.419677912951	34.9031373501	10.888438213	41.5256967765
4	9.14160523903	-0.311843718466	9.54187541221	1.71298543069	-0.366777050166	9.95963805564	-0.450044992268	-1.46243744232	0.0357665690838	-0.178463620112	0.438875847397	0.389379367332	0.243319288462	-1.67235366966	-0.0306020421328	1.05574445383	0.415304530107	-0.33701648295	1.03822948751	-0.143372014777	0.846895460693	27.2140908067	26.1927131248	49.38960778
5	3.29379529175	-0.208676623845	0.399831311633	2.6083193341	-1.07088733319	0.424065282549	0.20431835898	-0.238264671342	-0.729343753691	0.0466905855736	-0.108318648369	0.346872260592	0.156161482037	-0.173614521612	-0.0761740291068	0.382901084361	-0.0431926821617	-0.0195737813722	0.496247935889	0.0681282429213	0.607151751836	4.91603820277	-18.426552869	27.2168867767
6	1.88501111737	-0.225559469882	-0.253476389973	4.17559874288	0.749988129593	0.922749477406	0.125573455789	-0.346553465476	0.380114031529	-0.0515875319195	0.0904056963137	1.26875876413	-0.0990521207157	-0.0129594363019	-0.191062262848	0.406970653955	-0.0118172443912	0.0568003125161	0.526152883977	0.00995062347784	1.01456185889	-14.718531735	0.225450539523	21.3726245416
7	3.80420808021	1.05264471583	-0.319183199798	2.28615747765	-0.135862921984	0.64832523812	-0.0813300603674	0.224625926272	-0.187259184004	-0.0588467455516	0.0381376586468	0.0836277684257	0.0833940364482	0.130463669968	0.0697681408883	0.38743902554	0.00493111642527	-0.0699184121185	0.452507830172	-0.012043248388	0.406173376804	13.9850090564	-6.74103705553	18.900689376
8	3.00816180139	0.339051176614	0.177251655799	1.62882514932	-0.35643282153	0.111790050293	0.679085226203	-0.0995916764224	0.804214931294	-0.468999066163	0.220706705265	-0.197241569445	-1.03722166857	0.907714354468	-0.389728139532	0.862719856799	-0.339223437114	0.208926428019	0.629641710137	-0.11175405816	0.432293374048	3.18958462833	0.71510396603	-0.952642838229
9	6.29590628414	4.03502439627	-3.25683187829	2.99420332956	-0.783309134126	5.82135686532	-0.264164581178	0.314582301129	1.13627072896	-0.379309702654	0.825863067458	-1.08713367433	-1.61671715227	-0.55075443344	-0.434766645944	1.15210139007	-0.0371414313659	-0.036512579063	0.513975768929	-0.136708221581	1.33921162146	-4.5810213868	10.1688409859	-3.52977336707

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 127 through 223 )	A	A	127 - 223	1 - 95
2	2	chain 'A' and (resid 224 through 441 )	A	A	224 - 441	96 - 314
3	3	chain 'A' and (resid 442 through 611 )	A	A	442 - 611	315 - 434
4	4	chain 'A' and (resid 616 through 619 )	A	A	616 - 619	435 - 438
5	5	chain 'B' and (resid 129 through 286 )	B	C	129 - 286	2 - 159
6	6	chain 'B' and (resid 287 through 404 )	B	C	287 - 404	160 - 279
7	7	chain 'B' and (resid 405 through 490 )	B	C	405 - 490	280 - 366
8	8	chain 'B' and (resid 491 through 611 )	B	C	491 - 611	367 - 435
9	9	chain 'B' and (resid 615 through 619 )	B	C	615 - 619	436 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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