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万見
- PDB-8d2y: Y430F mutant of D-ornithine/D-lysine decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d2y
タイトルY430F mutant of D-ornithine/D-lysine decarboxylase
要素D-ornithine/D-lysine decarboxylase
キーワードLYASE / pyridoxal-5'-phosphate / decarboxylase / D-amino acid / Fold III
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ornithine/D-lysine decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / D-ornithine/D-lysine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Phillips, R.S. / Nguyen Hoang, K.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM137008 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: The Y430F mutant of Salmonella d-ornithine/d-lysine decarboxylase has altered stereospecificity and a putrescine allosteric activation site.
著者: Phillips, R.S. / Nguyen Hoang, K.N.
履歴
登録2022年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,24913
ポリマ－54,2751
非ポリマー97412
水11,818656
1
A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子

A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,49826
ポリマ－108,5502
非ポリマー1,94724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14350 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area31030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.740, 50.740, 73.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

21A-885-

HOH

31A-1024-

HOH

41A-1111-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 D-ornithine/D-lysine decarboxylase / D-Orn/D-Lys decarboxylase / DOKDC


分子量: 54275.102 Da / 分子数: 1 / 変異: Y430F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: dokD, STM2360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZNC4, D-ornithine/D-lysine decarboxylase

-
非ポリマー , 8種, 668分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2-0.4 M NaOAc, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→36.66 Å / Num. obs: 101867 / % possible obs: 77.91 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 14.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 17.78
反射 シェル解像度: 1.22→1.265 Å / Num. unique obs: 628 / CC1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N2H

6n2h


解像度: 1.22→36.66 Å / SU ML: 0.1016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.1929
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1518 2002 1.97 %
Rwork0.1341 99765 -
obs0.1344 101767 77.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→36.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3683 0 57 658 4398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00784280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14535851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0875620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71821677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.22-1.250.318660.3767291X-RAY DIFFRACTION3.2
1.25-1.290.3047180.2853932X-RAY DIFFRACTION10.3
1.29-1.320.3375590.31692741X-RAY DIFFRACTION30.15
1.32-1.370.30211170.28195839X-RAY DIFFRACTION64.02
1.37-1.420.24741570.23377864X-RAY DIFFRACTION86.07
1.42-1.470.22551770.19678694X-RAY DIFFRACTION96.16
1.47-1.540.18561820.16199120X-RAY DIFFRACTION99.42
1.54-1.620.16721810.14539100X-RAY DIFFRACTION99.91
1.62-1.720.19841880.14529121X-RAY DIFFRACTION99.94
1.72-1.850.16491810.13629140X-RAY DIFFRACTION99.99
1.85-2.040.1471840.12929162X-RAY DIFFRACTION99.99
2.04-2.340.16451760.12039174X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.940.13561880.12089202X-RAY DIFFRACTION100
2.94-36.660.12021880.11719385X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.788209117176-0.1429241846740.2373567863750.500850584479-0.07304696855860.640358517401-0.00137663915849-0.499543346392-0.05652621434770.06506911124360.009737156988310.0478834243788-0.000856021498993-0.260262796259-0.03305080836890.114840634181-0.02496512382060.01340960002670.3303040834460.03175256059170.0831541966201-4.70367817169-5.1982936552222.9774501845
22.37822520954-0.1909830360340.1813373782530.606792729174-0.1107980035321.73918302298-0.02696321274870.005924787308820.06524253434230.0186292348674-0.0323974719913-0.0425645382135-0.1095191200390.1259761505980.0245832639480.0972616060325-0.0362840972467-0.007164924192750.1151697457330.008481311159540.076944882052122.36948612931.4806602568410.738893692
34.21225541364-1.152007366210.7844129677871.49149659411-0.596983867342.570177400690.1850757894290.262722844376-0.385002111849-0.151990936053-0.110304412241-0.1335116295120.2507445471690.291995819175-0.09546466363120.1448130554580.04183396286110.02566882652780.2093529899680.007942983648510.15501318468630.9063766809-13.60490731638.60393168392
43.009338284250.222918292270.5584934833560.787714046647-0.3289239053861.299278352560.146614213851-0.173866467278-0.3730210654910.0724570996684-0.0580327367759-0.01974889146350.1061299823510.0470840082565-0.06684676027730.104137200132-0.0088278352427-0.01513555218960.1629739092240.02769179918340.11548897419725.4571653733-13.628851261218.6437205467
51.066555485630.281723392198-0.4431383300250.719928299563-0.3624282809550.660474274430.242742237834-0.482639102512-0.6305186881350.0749564735474-0.0846027736523-0.03177635072760.150269355239-0.153159244485-0.08442048946810.141973527944-0.0492353885396-0.04746539552010.211262278190.1221877621970.2385508529656.85042472931-17.84641570820.5876628142
61.140883853780.07054891120740.3254690061870.154092903692-0.03061437644960.5157869647360.0597917356738-0.216588526241-0.185900536870.01172178873270.001325258374060.02090873387560.045373571284-0.154455776072-0.05786215330190.109848995231-0.02013137067190.001362097192460.1800944604560.03478747323990.120776031126-8.93879144074-10.932565702411.2527810779
72.710300971570.224555872331-1.591989600091.193197284691.346802388052.920973113240.02882839523120.1494062422850.29096584586-0.1458732621430.07559578392440.067553082478-0.205852733467-0.0335630172046-0.09017711412690.1454335009930.0173138765336-0.01721589401380.1015255705310.0073239152110.14851235438-4.6011648293411.0077261755-0.841578482775
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 94 )1 - 941 - 94
22chain 'A' and (resid 95 through 183 )95 - 18395 - 176
33chain 'A' and (resid 184 through 206 )184 - 206177 - 199
44chain 'A' and (resid 207 through 247 )207 - 247200 - 240
55chain 'A' and (resid 248 through 283 )248 - 283241 - 276
66chain 'A' and (resid 284 through 446 )284 - 446277 - 439
77chain 'A' and (resid 447 through 468 )447 - 468440 - 461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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