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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d2m | ||||||||||||
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タイトル | Covalent Schiff base complex of YedK C2A and abasic DNA | ||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA-protein crosslink / abasic site / Schiff base / replication stress / DNA BINDING PROTEIN / dna binding / protein-dna complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素(リアーゼ) / protein-DNA covalent cross-linking repair / SOS response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Eichman, B.F. / Paulin, K.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The SOS response-associated peptidase (SRAP) domain of YedK catalyzes ring opening of abasic sites and reversal of its DNA-protein cross-link. 著者: Paulin, K.A. / Cortez, D. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6nuaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25574.828 Da / 分子数: 2 / 変異: C2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P76318, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 #2: DNA鎖 | 分子量: 2031.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.61 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 25% (wt/vol) PEG 3350, 0.2 M sodium phosphate monobasic monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.82→37.03 Å / Num. obs: 37024 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.076 / Net I/av σ(I): 11.9 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6NUA 解像度: 1.821→37.025 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.9 Å2 / Biso mean: 29.3513 Å2 / Biso min: 9.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.821→37.025 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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