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- PDB-8d2m: Covalent Schiff base complex of YedK C2A and abasic DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d2m
タイトルCovalent Schiff base complex of YedK C2A and abasic DNA
要素
  • Abasic site processing protein YedK
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA-protein crosslink / abasic site / Schiff base / replication stress / DNA BINDING PROTEIN / dna binding / protein-dna complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / SOS response / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Abasic site processing protein YedK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.821 Å
データ登録者Eichman, B.F. / Paulin, K.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136401 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01ES030575 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)F31ES032334 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The SOS response-associated peptidase (SRAP) domain of YedK catalyzes ring opening of abasic sites and reversal of its DNA-protein cross-link.
著者: Paulin, K.A. / Cortez, D. / Eichman, B.F.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abasic site processing protein YedK
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')
B: Abasic site processing protein YedK
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2124
ポリマ－55,2124
非ポリマー00
水2,882160
1
A: Abasic site processing protein YedK
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6062
ポリマ－27,6062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Abasic site processing protein YedK
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6062
ポリマ－27,6062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.940, 41.473, 82.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Abasic site processing protein YedK


分子量: 25574.828 Da / 分子数: 2 / 変異: C2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yedK / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P76318, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量: 2031.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 25% (wt/vol) PEG 3350, 0.2 M sodium phosphate monobasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→37.03 Å / Num. obs: 37024 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.076 / Net I/av σ(I): 11.9 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.940.7636940.6490.4340.8771.03100
1.9-1.974.10.54636670.7980.310.631.08296.06
1.97-2.064.10.39836900.8750.2250.4581.163100
2.06-2.174.10.28236430.9290.1590.3251.255100
2.17-2.314.10.21937160.9590.1230.2521.347100
2.31-2.484.10.16336590.9740.0920.1871.307100
2.48-2.734.10.12337110.9860.0690.1411.241100
2.73-3.134.10.08336990.9920.0470.0961.166100
3.13-3.944.10.04837290.9970.0270.0551.064100
3.94-503.90.03438300.9980.0190.0391.01499.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.38 Å37.03 Å
Translation4.38 Å37.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NUA

6nua


解像度: 1.821→37.025 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1852 5 %
Rwork0.1777 35172 -
obs0.1802 37024 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.9 Å2 / Biso mean: 29.3513 Å2 / Biso min: 9.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.821→37.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3500 268 0 160 3928
Biso mean---27.84 -
残基数----460
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8213-1.87060.3071350.2539256495
1.8706-1.92560.30991410.22212682100
1.9256-1.98780.25571430.21672707100
1.9878-2.05880.27511420.20852697100
2.0588-2.14120.24151400.18652675100
2.1412-2.23870.20961430.17752716100
2.2387-2.35670.2561420.1752700100
2.3567-2.50430.25081440.18132713100
2.5043-2.69760.241410.19742697100
2.6976-2.9690.25191450.19662735100
2.969-3.39840.23131430.18192735100
3.3984-4.28060.19261450.14772741100
4.2806-37.0250.1821480.1546281099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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