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- PDB-8d0u: Human FUT9 bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d0u
タイトルHuman FUT9 bound to GDP
要素4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / Alpha-(1 / 3)-fucosyltransferase / GT 10 / GT-B fold / Inverting mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


neuronal stem cell division / Lewis x epitope biosynthetic process / regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of leukocyte tethering or rolling / alpha-(1->3)-fucosyltransferase activity / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity / Lewis blood group biosynthesis / fucosylation / N-glycan fucosylation ...neuronal stem cell division / Lewis x epitope biosynthetic process / regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of leukocyte tethering or rolling / alpha-(1->3)-fucosyltransferase activity / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity / Lewis blood group biosynthesis / fucosylation / N-glycan fucosylation / glycosphingolipid biosynthetic process / fucosyltransferase activity / oligosaccharide biosynthetic process / L-fucose catabolic process / polysaccharide biosynthetic process / protein O-linked glycosylation / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / trans-Golgi network membrane / trans-Golgi network / positive regulation of neuron projection development / neuron differentiation / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Fucosyltransferase, N-terminal / Fucosyltransferase, N-terminal / : / Glycosyl transferase family 10 / GT10-like, C-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase family 10 (fucosyltransferase) C-term
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)GM130915, GM103390 and P01GM107012 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for Lewis antigen synthesis by the alpha 1,3-fucosyltransferase FUT9.
著者: Kadirvelraj, R. / Boruah, B.M. / Wang, S. / Chapla, D. / Huang, C. / Ramiah, A. / Hudson, K.L. / Prudden, A.R. / Boons, G.J. / Withers, S.G. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W.
履歴
登録2022年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,73912
ポリマ－37,8531
非ポリマー1,88611
水6,323351
1
A: 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9
ヘテロ分子

A: 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,47824
ポリマ－75,7052
非ポリマー3,77322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_665-x+1,-y+3/2,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.330, 127.330, 127.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-713-

HOH

21A-778-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9 / Fucosyltransferase 9 / Fucosyltransferase IX / Fuc-TIX / FucT-IX / Galactoside 3-L-fucosyltransferase


分子量: 37852.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUT9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9Y231, 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 361分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月19日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→63.7 Å / Num. obs: 85310 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 30.8 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.29→1.32 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7987 / CC1/2: 0.47 / Rrim(I) all: 1.4 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8D0O

8d0o


解像度: 1.29→63.665 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1722 4284 5.02 %
Rwork0.1519 --
obs0.1529 85310 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→63.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 118 351 2951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2321031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.30420.3591170.35212084X-RAY DIFFRACTION77
1.3042-1.31950.28271410.25272711X-RAY DIFFRACTION100
1.3195-1.33560.23741390.21172708X-RAY DIFFRACTION100
1.3356-1.35250.20221450.17872684X-RAY DIFFRACTION100
1.3525-1.37030.24291430.17222680X-RAY DIFFRACTION100
1.3703-1.38910.2251430.16382746X-RAY DIFFRACTION100
1.3891-1.40890.17831450.15722706X-RAY DIFFRACTION100
1.4089-1.430.18821400.15492714X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.45230.20961450.14572669X-RAY DIFFRACTION100
1.4523-1.47610.18071480.142749X-RAY DIFFRACTION100
1.4761-1.50160.16851400.13582652X-RAY DIFFRACTION100
1.5016-1.52890.15071460.12812732X-RAY DIFFRACTION100
1.5289-1.55830.15381410.12262687X-RAY DIFFRACTION100
1.5583-1.59010.15491440.12232714X-RAY DIFFRACTION100
1.5901-1.62470.14461470.12482740X-RAY DIFFRACTION100
1.6247-1.66250.14681420.12522674X-RAY DIFFRACTION100
1.6625-1.70410.16791420.13052746X-RAY DIFFRACTION100
1.7041-1.75010.16691450.12742719X-RAY DIFFRACTION100
1.7501-1.80160.16061430.13652703X-RAY DIFFRACTION100
1.8016-1.85980.14921420.13352709X-RAY DIFFRACTION100
1.8598-1.92630.16891430.13432743X-RAY DIFFRACTION100
1.9263-2.00340.15251420.13722724X-RAY DIFFRACTION100
2.0034-2.09460.15271430.142716X-RAY DIFFRACTION100
2.0946-2.2050.15191410.14042729X-RAY DIFFRACTION100
2.205-2.34320.16311420.14772748X-RAY DIFFRACTION100
2.3432-2.52410.20771450.1572732X-RAY DIFFRACTION100
2.5241-2.77810.16691440.16532738X-RAY DIFFRACTION100
2.7781-3.18010.21391460.17322749X-RAY DIFFRACTION100
3.1801-4.00650.14221480.14842768X-RAY DIFFRACTION100
4.0065-63.6650.17871520.16132861X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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