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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d06 | ||||||
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タイトル | Hallucinated C3 protein assembly HALC3_104 | ||||||
![]() | HALC3_104 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / De novo design Hallucination Cyclic Oligomer ProteinMPNN | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ragotte, R.J. / Bera, A.K. / Wicky, B.I.M. / Milles, L.F. / Baker, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Hallucinating symmetric protein assemblies. 著者: B I M Wicky / L F Milles / A Courbet / R J Ragotte / J Dauparas / E Kinfu / S Tipps / R D Kibler / M Baek / F DiMaio / X Li / L Carter / A Kang / H Nguyen / A K Bera / D Baker / ![]() 要旨: Deep learning generative approaches provide an opportunity to broadly explore protein structure space beyond the sequences and structures of natural proteins. Here, we use deep network hallucination ...Deep learning generative approaches provide an opportunity to broadly explore protein structure space beyond the sequences and structures of natural proteins. Here, we use deep network hallucination to generate a wide range of symmetric protein homo-oligomers given only a specification of the number of protomers and the protomer length. Crystal structures of seven designs are very similar to the computational models (median root mean square deviation: 0.6 angstroms), as are three cryo-electron microscopy structures of giant 10-nanometer rings with up to 1550 residues and symmetry; all differ considerably from previously solved structures. Our results highlight the rich diversity of new protein structures that can be generated using deep learning and pave the way for the design of increasingly complex components for nanomachines and biomaterials. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 528.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8070.304 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Cesium chloride 0.1 M MES 30% Jeffamine M-600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→77.45 Å / Num. obs: 17541 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 118.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.56 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.522 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 1749 / CC1/2: 0.748 / % possible all: 99.43 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Design model 解像度: 3.4→77.45 Å / SU ML: 0.4909 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 39.983 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 133.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→77.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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